分苗前3～5天適當降低床內溫度，進行低溫煉苗。分苗要選晴暖天氣進行，分苗前一天向床內噴水，以利起苗。分苗后，茄果類蔬菜幼苗的株距和行距均以10厘米為宜，甘藍類蔬菜幼苗的株距和行距均以8厘米為宜。

分苗時通常采用暗水分苗法，即先在分苗畦內按行距開深和寬均為6～8厘米的溝，用壺在溝內澆水，將苗按株距貼在溝邊，水滲后覆土將苗栽好。分苗后立即覆蓋塑料薄膜，以提高畦溫，促進幼苗扎根緩苗。如在中午幼苗出現萎蔫現象，可覆蓋草苫遮陽，午后揭開。