首先，大棚拔園后，應注意清潔園地。清潔園地就是要搞好棚內衛生，主要是把遺留在棚內的枯技爛葉清理出棚外，并集中銷毀，以免成為新的傳染源，棚外的雜草也要清理干凈，以鏟除害蟲寄居繁殖的場所，這是防止病原菌侵染循環的一項重要措施。

清理完園地后，應在棚室內進行一次全面的消毒。棚室消毒一般采用硫磺熏煙法，熏煙前先把放風口密閉，每立方米空間用硫磺4克，鋸末8克，于晚上7時，每隔2米距離堆放鋸末，攤平后撒一層硫磺粉，倒入少量酒精，逐個點燃，24小時后放風排煙。此法消毒效果好，成本很低，取材方便。也可采用45%百菌清煙熏劑或30%速克靈煙熏劑，前者對多數真菌性病害有防效，速克靈煙熏劑或百菌清和速克靈混合煙熏劑對灰霉病為主的病害防效顯著。每畝用量為：30%速克靈熏煙劑300～500克，45%百菌清煙熏劑200～250克，均勻放置后，分別點燃，隨即密閉棚室煙熏2～3小時，效果良好。

大棚骨架及營養缽、鐵鍬、工作服等輔助設施也要進行消毒。可用1%～2%福爾馬林水溶液均勻噴灑或洗刷后放在棚內高溫悶棚消毒，均能收到好的效果。

棚室消毒完畢后，應及時翻地曬土，并進行土壤消毒，以防止下茬蔬菜土傳病害的發生。土壤傳播侵染的病害有黃萎病、青枯病、枯萎病。防治這些病害，可在定植前半個月，沿畦溝澆福爾馬林100～200倍液，然后用聚乙烯薄膜覆蓋并密封5天，一星期后，在藥劑全部揮發后方可定植。也可用50%的多菌靈、50%托布津、75%敵克松1000倍液、雙效靈、抗枯靈300倍液噴灑土壤。

處理完土壤后，可密閉棚室，進行高溫悶棚。這也是棚室消毒中一項最重要的消毒措施。此方法是選擇晴天，將大棚封閉，利用太陽光和棚內高溫進行室內消毒，一般5～10厘米深土壤溫度可達40～60℃，最高土溫能達50～70℃，可密封暴曬15～20天。為防治根結線蟲病，可結合高溫悶棚，在棚內用溴甲烷熏蒸，效果更好。