隨著溫度的不斷降低，番茄出現了不少生理性問題。

落果  番茄果實在開花授粉3～4天后開始膨大，7～20天后膨大速度最快，果實不斷吸取影響膨大，外界環境的變化與管理不當，使番茄果柄形成層細胞分裂受到影響，果枝無法承擔果實重量，導致落果。目前番茄落果的主要原因是溫度調控與肥水管理方面的問題，夜溫過低和旱澇不均都會影響果柄形成層細胞分裂。對發生落果現象的棚室，除對棚室環境調控外，還可以用5%萘乙酸水劑5000倍液噴霧，減少落果。

上部葉片黃化  主要從葉柄或葉片的下部開始向葉尖蔓延，葉脈和葉肉都發黃。這主要是由肥水管理不當傷根漚根造成的，在冬季棚室中發生十分普遍。對根系受傷的植株，首先要降低棚室土壤濕度。濕度過大，土傳病害易危害根系，可以通過化鋤使土壤快速散濕，同時減少澆水或控制澆水量。其次，澆水時可以配合施用甲殼素、海藻酸、氨基酸類等促生根肥料，誘發新根生長。再次，注意葉面補充微量元素，促進葉片葉綠素合成。

空洞果  大棚番茄產生空洞果，主要是由肥料使用不當或激素使用過多造成的。激素和氮肥都會使番茄果實快速膨大，授粉受精不良的果實胎座部分膨大緩慢，果實內部得不到充實，形成空洞果。地溫過低、光照不足、根系受傷等都是造成空洞果的原因。防治番茄發生空洞果，應減少激素的使用次數和用量，注意多補充鉀肥，合理施用氮磷鉀肥，注意提高棚內溫度，增加光照，加強肥水管理。