土壤透水透氣對蔬菜的生長發育影響很大。在蔬菜生產中常發現水大傷根問題，即菜農常說的澆水悶了根。這多發生在大棚土壤團粒結構差或土地中有板結層的棚中，所以要改善土壤的透水性能，首先是要多用有機肥改良土壤。目前的問題是有機肥使用量在不少地方逐年下降，土地有機質不足而大量的玉米、小麥秸稈卻年年被燒掉，被漚肥利用的只是很少一部分。有的菜農嫌使用有機肥費工費力，不如化肥使用方便，有的則是誤以為化肥可以代替有機肥。如果這種狀況長期得不到改變，大棚土壤透水性也會隨之惡化，總之土壤就會變得瘠薄，受損失的還是菜農自己。

團粒結構好的土壤，除肥力足以外，其保水能力可以提高5-10倍，所以這種土壤抗寒能力強，又因透水性好，抗澇能力也強。所以這種土地上蔬菜好管理。老百姓說這種棚怎么管怎么好，易得豐產豐收。

有板結層的土地透水性當然不會好，要注意，連續多年使用旋耕機會出現兩個問題，一是旋耕過的表土像細粉，澆水就成泥，干了成板結層；二是旋得太淺，大都13-18厘米，而下邊形成了又一個底部板結層，這兩個板結層對透水是很不利的，所以要結合深耕深翻施用有機肥改善土地的透水性能。

土壤的透氣性也是由土壤團粒結構決定的。土壤學里講的孔隙度就是表示土壤透氣性的重要概念。

土壤中除固體外，還有液體和氣體。這兩者占的部分為孔隙部分，空隙部分占得多叫孔隙度高，反之叫孔隙度低。與孔隙度直接相關的是土壤團粒結構。在有機質豐富的土壤里，團粒結構好，土質疏松，孔隙度大，群眾稱作“海綿田”。而在有機質少，土壤團粒結構差的田地里，土壤板結、孔隙度小、透氣性差，蔬菜根部容易得不到充足的空氣而受到傷害，常發生“紅根”、悶根、爛根等問題。所以蔬菜特別喜歡空隙度大的土壤，蔬菜根部需氮量大，黃瓜、甘藍、芫荽要求最高，孔隙度20%以下時產量就會明顯降低。這就是多用有機肥使土壤孔隙度大，蔬菜就長得好的原因之一。

水和氣在土壤中有一定矛盾，在水多水大時空氣就會被排了出來，使蔬菜生長受阻，所以我們要求水不要過量，尤其在寒冬季要小水澆，要隔行澆，在黏土地更應如此，否則水一大輕者葉黃，重者死棵。而在土壤團粒結構好的土地上就很少發生或不發生這類問題，由此我們也可以體會到大量使用有機肥，是使土壤團粒結構增加，使透氣性變好，避免葉黃根爛死棵的又一大好處。

值得提出的是，團粒結構差的土壤中因孔隙度小，根系呼吸時產生的二氧化碳排出不暢是制約蔬菜生長發育的另一個問題，也是需要從增施有機肥，培養土壤團粒結構入手去解決的。