很多菜農都習慣在肥料價格較低時，一次購買大量的肥料存放起來以供全年使用。這種做法雖說可行，但是對于某一些化肥來說，就很不合適了。因為菜農沒有專門的場所儲存肥料，隨意存放，會導致一些肥料在存儲過程中受潮而降低肥效，如碳酸氫銨、硝酸銨等；生物菌肥等則因儲存時間過長，會導致肥料中活性菌大量死亡，使用效果大打折扣。

從肥料的特性分析，化肥只要貯存得當，包裝袋不破損、不被雨淋、不受潮、不與堿性物質混放，一般都可以長期貯存，因此國家目前沒有化肥保質期的規定。例如尿素、過磷酸鈣、硫酸鉀等化肥在陰涼干燥的倉庫里可堆放20年，除了肥料產生結塊兒外，養分含量等指標沒有任何變化。但如果被雨淋了，肥料的氮鉀就會有流失；如果受潮了，肥料中氮素就會揮發損失；如果遇到堿性物質或裸露，還會導致磷肥的有效性降低。

尤其對于一些包裝袋內沒有薄膜內袋包裝的肥料，在陰雨天時很容易受潮，導致肥效降低；同時尿素在儲存時如遇高溫，還會導致尿素產生縮二脲，如果肥料中的縮二脲含量超過2%就會對種子和幼苗產生毒害，不利于蔬菜的生長，所以肥料購買后不能隨意存放，應將肥料放在陰涼干燥的地方，對于性質不穩定或者活性肥料，菜農則應現用現買，以防肥效降低。