在冬季，韭菜從覆膜到收割需要30-35天的時間，因為時間較短，菜農在韭畦上覆蓋薄膜后，通常不會再將薄膜揭開噴藥防病，然而因為韭畦不通風，濕度大，導致韭菜灰霉及疫病發生嚴重，對韭菜的產量及質量影響很大，效益大大降低。因此菜農在覆膜前，要先進行灰霉及疫病的預防。

因為灰霉病屬于弱寄生病菌，主要侵染植株的壞死的部位。因此菜農在覆蓋韭菜之前，一定要將韭畦中枯黃死亡的韭菜莖稈全部清理出去，以減少扣膜后灰霉病的侵染途徑，同時由于韭菜的生產時間較短，植株生長迅速，也就不容易再侵染灰霉病。當韭畦中的枯死莖稈全部清理完后，還應在韭畦內使用65%的甲硫霉威可濕性粉劑，按照每畝3千克的用量與適量細土拌勻，然后均勻地撒施到畦面上即可。

對于疫病，它多從植株的中下部開始發生，尤其是對假莖及鱗莖危害嚴重。假莖染病容易導致葉稍脫落，而鱗莖被害則會導致根盤呈水浸狀腐爛，影響植株養分的儲存，進而導致新葉細弱。因此，菜農在覆膜前，韭畦澆水后，菜農可使用72%的錳鋅霜脲可濕性粉劑700倍液或69%的安克錳鋅600倍液進行灌根預防。