常見的霉菌有綠色木霉、青霉、毛霉、曲霉和鏈孢霉。草菇的整個栽培過程都會發生霉菌危害，后期比前期多。其防治措施如下：

一是木霉在4℃~42℃都能生長，孢子萌發喜高濕環境，侵害草菇培養基時，初期白色棉絮狀，后期變為綠色，菌種如果被木霉危害，必須報廢，即使輕度感病的菌種也應棄之不用。對木霉至今沒有理想的根治性藥物，常用的殺菌藥對木霉只是抑制，而不是殺死，加大藥量，只能同時殺死木霉和草菇菌絲。因此，創造適合草菇菌絲生長而不利于木霉繁殖的生態環境，是控制危害的根本措施。一旦發生木霉危害，要立即通風降溫，以抑制木霉的擴展，處于發菌階段的培養料感病以后，可采用注射藥液的方法抑制木霉擴張。常用藥液：5%的石碳酸、2%的甲醛、50%多菌靈200倍液、75%甲基托布津、pH值為10的石灰水。此外，往污染處撒白灰面，防治效果也很好。

二是鏈孢霉生長初期呈絨毛狀，白色或灰色，生長后期呈粉紅色、黃色。大量分生孢子堆集成團時，外觀與猴頭菌子實體相似，鏈孢霉主要以分生孢子傳播危害，是高溫季節最易發生的雜菌。鏈孢霉菌絲頑強有力，有快速繁殖的特性，一旦大發生，便是滅頂之災，其后果是菌種、培養袋或培養塊成批報廢。鏈孢霉的藥物防治可參照木霉的防治。菌袋生產時，如果發現鏈孢霉，在分生孢子團上滴上柴油，可防止鏈孢霉的擴散。菌袋發菌后期受害，一般不要輕易報廢，可將受害菌袋埋入深30~40厘米透氣性差的土壤中，經10~20天缺氧處理，可有效減輕病害，菌袋仍可出菇。

三是毛霉，又叫黑霉、長毛霉。菌絲初期白色，后灰白色至黑色，說明孢子囊大量成熟，該菌在土壤、糞便、禾草及空氣中到處存在。在溫度較高、濕度大、通風不良的條件下發生率高。發生的主要原因是基質中使用了霉變的原料，接種環境含毛霉孢子多，在悶濕環境中進行菌絲培養等。防治方法同木霉。