棚室內濕度較大，蔬菜病害發生較多，但以灰霉病、綿疫病、霜霉病、炭疽病等病害為主，防治好了這些主要病害就抓住了棚室病害防治的關鍵。

灰霉病 灰霉病是棚室蔬菜發生最為普遍、危害比較嚴重的病害，特別是對茄子、番茄、辣椒、黃瓜、菜豆等危害最為嚴重。一般以盛花期前后發病較重。該病為低溫型病害，在10℃~15℃、多雨天、濕度大的條件下發病快且嚴重。防治措施：做好清溝瀝水、及時通風換氣等工作。發病初期選用50%速克靈、25%灰克、50%撲海因、25%多霉威、10%苯醚甲環唑或20%嘧霉胺等藥劑防治。也可于發病初期，選用灰克、速克靈、百菌清粉劑與木屑混拌（藥1份加木屑50份），點燃熏煙，以30立方米棚室用藥量0.3公斤，防效較好。

綿疫病 綿疫病除危害茄子外，還危害黃瓜、冬瓜及豆科蔬菜。危害茄子以結果盛期較為嚴重，主要危害果實，發病初期，果面呈水浸狀圓形病斑，擴大后病斑變成黃褐色，病部稍凹陷，果實腐爛變黑，病果易脫落。結果期間若遇連陰雨，應作為茄子綿疫病的防治重點時期，藥劑可選擇78%波·錳鋅、20%丙硫多菌靈、72%錳鋅·霜尿（克露）、64%殺毒礬、68.7%易保、50%烯酰·嗎啉與58%甲霜·錳鋅、25%甲霜靈等。

霜霉病 該病是危害黃瓜最主要的病害，主要危害葉片。表現為葉片初呈水漬狀淺綠色斑點，干燥高溫下，病斑迅速枯黃。其發病需要高溫高濕的環境條件，因此，黃瓜霜霉病發病高峰期一般在5月中下旬，此時也是黃瓜坐果盛期。黃瓜霜霉病的防治應將5月上旬（高溫高濕前）作為重點，藥劑可選72%克露、58%雷多米爾、70%可殺得、72%普力克（霜霉威）與百菌清煙劑（苗床期）。

炭疽病 該病是危害辣椒的主要病害之一，也危害茄子、番茄、瓜類和豆類蔬菜等。俗稱為落葉病，根據病斑上發生的黑點大小、橙紅色小點又分為黑色炭疽病、黑點炭疽病、紅色炭疽病。高溫多雨發病重，排水不良，種植密度大，施肥不當或氮肥過多，通風不好，都會加重此病發生和流行。辣椒炭疽病的防治應在5月初進行預防，6~8月重點防治，藥劑可選擇75%百菌清、87%代森錳鋅與50%甲基托布津、64%殺毒礬等。