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黑木耳菌種的選擇注意以下幾點：
看外觀 看菌瓶標簽與黑木耳菌種是否相符，以防錯購。培養時間應在兩個月以內，從接種日算，菌齡應在30～40天為宜，同時看瓶塞壁有無破裂或棉塞脫落等現象。
看菌絲 菌絲潔白純度高，絨毛粗壯、短密齊的為優質菌種。如有綠、黃、紅、青、灰色菌絲，則為已感染雜菌的菌種，需淘汰。
看耳基 瓶壁與料之間如無淡黑色耳基的為優良菌種，有少量耳基為正常菌種，如果太多，則傳代次數過多，接種后雖出耳早且多，但長不大，產量較低。
注意沉淀物 如果瓶壁沒有或僅有淺褐色膠質物屬合格菌種；如果有黃褐色液體，屬老化菌種，不可購買。
看菌塊 木屑菌種表面均長有菌絲，已看不到木屑，挖出時以成塊而不松散為佳。
注意巧使用 如果菌種培養時間過短或溫度過低，菌絲未長滿全瓶或菌絲未長入木屑內部的，應繼續在適溫下培育，然后再用于接種，應存放于清潔、干燥和光線較暗的室內。接種前，嚴禁拔掉棉塞，對已開瓶接種的菌種不宜過夜，以防雜菌污染。
