氯磺隆是一種弱酸。在酸性條件下，氯磺隆大部分分子以易水解的中性生態存在，水解很快。據試驗，pH值為4時經一周約水解50%，pH值為5.7時水解半衰期為4周；在pH值為7的中性水溶液中，水解半衰期為6周。在堿性條件下，氯磺隆主要以離子態存在，水解半衰期更長。

土壤pH值對氯磺隆的土壤降解起決定性作用。不同pH值條件下，其土壤降解半衰期差異較大。據試驗，在pH值5.6的酸性土壤中，氯磺隆降解半衰期為1.9周；而在pH值7.5的偏堿性土壤中，其半衰期達10周；pH值5.6的土壤施藥后6周可降解90%；而在pH值7.5的條件下施藥后6周僅降解20%。

氯磺隆在土壤中易移動，特別是在堿性條件下移動性更強。在土壤表層不能被降解的氯磺隆，可以隨雨水淋溶到達25厘米深的下層土壤，以后又可以隨土壤毛細管水分上移，也可以橫向移動。這一特點決定了犁地等耕作措施不能消除氯磺隆對后茬作物的影響。

氯磺隆的這些特性，決定了它在堿性土壤和旱田施用后殘留期較長。大面積生產實踐表明，氯磺隆活性高，在堿性土壤和旱地施用對后茬作物大豆、棉花有影響，對后茬種植的甜菜、玉米、油菜、菜豆、豌豆、芹菜、洋蔥、辣椒、胡蘿卜、苜蓿等作物有藥害。目前該藥僅限于長江流域麥稻輪作區土壤為中性或酸性的麥田使用，堿性土壤禁止使用。

氯磺隆和甲磺隆殘留期長，在土壤中能不斷積累，即使在長江流域麥稻輪作區，如果超量使用或連年使用這類藥劑，也會對后茬作物造成影響。農業部全國農技推廣中心梁帝允在一篇題為《我國麥田化學除草現狀與發展對策》的報告中說：近年來長江流域麥稻輪作田連年使用氯磺隆、甲磺隆后，不僅菵草等禾本科雜草產生了較強的抗藥性，而且由于藥物在土壤中不斷累積，對水稻也會產生隱性傷害。麥田冬前施用氯磺隆、甲磺隆后，麥收后只能大苗移栽水稻，如小苗移栽、拋秧、育秧、直播水稻，則容易造成僵苗、遲苗不發或死苗。

有研究表明：在水稻秧苗2葉1心期低劑量（正常）用藥量的一半（施氯磺隆，或者在移栽后5天內按正常用量施用，或者在田間藥物殘留量大的情況下，會對水稻產生明顯的藥害，表現為根和幼芽生長受阻，心葉不能抽出，生長點畸形或壞死，葉片暗綠或失綠壞死，節間縮短，須根少而老化，生長停滯，植株矮化黃化，最后逐漸枯死。

綜合來看，在長江流域麥田使用氯磺隆、甲磺隆是否會對后茬水稻造成藥害，要看土壤的酸堿度、用藥量大小和連續用藥的年限長短。在土壤為酸性的稻麥輪作田，正常使用氯磺隆、甲磺隆（一般每畝純藥用量合計不超過1克），而且用藥年限不是很長，通常不會對后茬水稻產生太大的不利影響；反之，就有可能產生藥害（通常是隱性藥害，對水稻生長和產量有影響），特別是對直播和小苗移栽的水稻可能造成更大影響。考慮到現在麥田菵草、日本看麥娘等多種雜草已對氯磺隆產生很強的抗藥性，后茬為直播水稻的麥田，一般不要施用氯磺隆、甲磺隆。