水稻惡苗病，從秧苗到抽穗期都有發生，發病的秧苗比健苗高而細，葉片和葉鞘窄長，葉色變為淡黃綠色；大田病株癥狀與苗期相似，分蘗少或不分蘗，節間顯著伸長，節上倒生須根；病株多數不抽穗，于孕穗期枯死。有的病株劍葉早出，劍葉葉鞘伸得長，提早抽穗，包頸率幾乎達100％，穗小、粒小或籽粒不實。

水稻徒長植株，主要發生在秧苗的二三葉期，或大田插秧后的分蘗期。株形和癥狀呈現兩個明顯的特征：一是稻株節間距離拉長，植株纖細，但其長度矮于惡苗病株。徒長株的節不彎曲且細直，不產生不定根。二是節、葉鞘和莖稈內外查不到粉紅色的霉層、菌絲等病原物的痕跡，徒長植株能夠抽穗，但穗形不正常。

惡苗病的植株，在秧苗期和抽穗期都可以發現。秧苗的四五葉期和大田的分蘗期，是兩個發病的高峰期，發病嚴重的植株，在秧田因植株細長纖弱，移栽前會折斷枯死。秧田帶病的植株，因根系發育不良，須根明顯減少，移植大田后有的迅速枯死。枯死了的秧苗近地面部分，有時可產生淡紅色或白色霉狀物，插入大田后，一般會于秧苗移栽后20—30天左右又會陸續見到惡苗病株，癥狀與苗期的相似。剝開惡苗病株的葉鞘，節的上下呈暗色，葉鞘和莖桿上可見到褐色的條紋斑，若將病莖剝開，可見到大量的蛛絲狀的菌絲。