⑴谷粒飽滿度差。雜交稻種不飽滿粒比例大，一般占20%左右。雜交水稻在制種時，大田授粉時間長達10-15天。先授粉結實的種先成熟，谷粒飽滿比重大，浸種催芽時發芽勢強，發芽又快又整齊，成秧率高；后授粉結實的種子在收獲時往往只是黃熟，谷粒不飽滿，催芽時根芽長短不一。尤其在早春氣溫不高的情況下，許多成熟度低的種子，抗逆性弱而難以成苗。

⑵裂穎種子多。裂穎種子多是由不育系的特性決定的。一般占10-20%左右。制種時不育系有強勢花與弱勢花的不同，強勢花產生的種子生長勢強，穎殼閉合度好，浸種過程中吸水慢，病菌入侵難；而弱勢花產生的種子穎殼閉合度差，浸種過程中吸水快，易受病菌侵染，胚乳養分易外滲，使種子發粘，變酸，發芽率降低。

⑶穗上芽谷種子多。一般占1-5%，嚴重時可達10%以上。由于制種時授粉時間長（10-15天），如果成熟期再遇上陰雨天氣，田間濕度大，穗上芽谷種子就更多了。芽谷經浸種催芽后，即使發芽，不久也變黃枯死，導致成苗率下降。

2、生產和貯藏過程的影響

⑴谷粒黑粉病粒相對較多導致發芽率降低。由于雜交稻在制種過程中，母本授粉時間長，導致谷粒黑粉病發生較重，一般占5-10%左右，如母本授粉過程中遇到連陰雨天氣，則發病率更重，有時達到10-20%。黑粉病粒形似飽滿，其實谷殼內部都是病原物"黑粉"，它不僅本身不能發芽，還嚴重影響其他正常種子的發芽，導致發芽率降低。

⑵微生物大量積累所致。目前制種過程中，九二○的使用量越來越大，從原來每畝10克增加到現在每畝25克左右，九二○的大量積累，破壞了成熟種子的休眠，導致了種子穗發芽可能性的增加；同時，還使用各種生物制劑來調節花期，以達到高產的目的，所以種子上殘留著大量的微生物，這些微生物不同程度威脅著種子的生命。

⑶雨天收割所致。碰到陰雨天，農戶搶收種子心切，往往冒雨收割，由于缺少烘干設備，常把濕谷用袋、筐盛裝或堆放過夜，等第2天晾曬。這樣，很容易使種子被"燒死"或"悶死"喪失了生命力。

⑷種子不干所致。由于雜交稻種價格較高，如果遇上減產或收購時間偏遲或種子緊張年份，許多制種戶往往翻曬不徹底而使種子水分偏高，這樣隨著貯藏時間的延長，種子發芽率必然降低。同時，高水分的種子比曬干的種子更容易發生蟲霉危害而喪失發芽能力。

3、浸種和催芽不當

⑴浸種時間過長。浸種時間長，供氧不足且有害物質積累多而影響發芽。許多農戶至今仍然采用老方法把種子浸2天2夜甚至更長時間，而且不換水不洗種，這樣長時間浸種就造成了供氧不足，而且會產生大量有害物質影響種子發芽，從而造成爛種。

⑵催芽方式不當。水稻種子發芽的最適溫度為30-35℃，但有些農戶仍常用塑料編織袋或薄膜袋包裹種子在太陽下取溫催芽。也有用編織袋裝種，放在鍋里或煤爐上利用余熱催芽，由于雜交種子呼吸旺盛，產生的熱量多，稍有疏忽，未能及時淋水和翻動種子，很容易造成溫度過高而"燒芽"。

二、提高雜交稻種的發芽率措施

1、加強大田管理，提高稻種發芽率。在雜交稻制種時要選用抗病品種，特別是抗稻粒黑粉病的不育系，加強對制種田稻粒黑粉病、白葉枯病、稻瘟病、紋枯病的綜合防治；九二○的使用量要掌握適當，只要能達到解除不育系包頸的目的即可，要避免盲目使用和過量使用；種子成熟后要及時收獲，及時翻曬，收購時要嚴格控制種子水分，堅決做到種子水分不達標，不收購，誰收購誰負責。

2、浸種前不提倡曬種。據有關科研部門試驗，雜交稻種浸種前曬種，不但不能提高生活力，反而使種子發芽率有下降的趨勢，尤其是生活力較差的陳種子曬種后發芽率更是大大降低。這主要是因為種子曝曬后進一步失水，尤其是裂穎種子、青谷種子細胞膜更易破裂，浸種時細胞內含物出入失去控制導致發芽率下降。因此，雜交稻種浸種前最好不要曬種，相反，浸種前幾天將袋裝種子拆封，讓其自然回潮吸濕，有利于種子細胞膜的修復，有利于提高發芽率。

3、浸種前提倡清水選種。用清水選種可以將漂浮在水面上的不飽滿的青谷、秕谷、牙谷和黑粉病谷等撈去，能提高種子的發芽率，如果在種子緊張年份可以將撈去的種子單獨浸種催芽，以充分利用其中能發芽的種子。要淘汰舊的浸種催芽方法，采用日浸夜露或日濾液浸間歇換水的浸種方法。

4、雜交稻種應進行包衣。由于在大田制種過程中，種子帶菌很多，通過包衣，可以有效殺滅種子所攜帶的多種病菌，減少浸種催芽時病菌對種胚的侵染而提高發芽率，同時，還能有效預防或減輕惡苗病、白葉枯病、稻瘟病、稻粒黑粉病的發生。