在旱育秧條件下，由于地膜覆蓋，膜內溫度較高，濕度也適合稻瘟病的發生；旱育秧床土肥沃，一般為酸性土，會加重其危害；秧苗生長在無水層的土壤中，降低了對水溶性硅酸鹽類的吸收能力，表皮細胞內硅酸積累少，抗性差，病菌易侵入；旱育秧苗生長嫩綠，也易遭稻瘟病侵害。基于以上原因，旱育秧一般容易發生苗葉瘟，在推廣旱育秧時，一定要抓好種子處理。可采用0.5-1%的石灰水浸種殺菌。若用強氯精消毒種子，一般采用300倍液，把用清水浸12小時的種子洗凈撈起，倒入溶液中浸12小時。發生苗葉瘟后可揭開地膜，每畝用20%三環唑可濕性粉劑50-75克均勻噴霧，能有效地控制危害。

二、黃（白）化病

發病初期秧苗葉片薄，葉色淡，嫩黃色，新根少，新出葉葉色更淡，重者呈現白色，出葉緩慢。其原因有二：一是旱育秧苗在揭膜后，遇上較長時間的低溫，使葉綠體解體，容易出現黃（白）化現象。二是在旱育條件下，由于缺素，特別是缺鐵，會使葉綠素形成不足，發生黃（白）化病。低溫引起的黃（白）化病，當溫度回升后，秧苗可緩慢恢復綠色。旱育綠1號和旱育綠3號對該病的防治效果很好。葉面噴施旱育綠1號600-800倍液，2-3天后秧苗轉綠。噴施硫酸亞鐵也有一定效果。

三、黃梢僵苗病

因苗床過度干旱或培肥不勻而引發此病。其癥狀是秧苗老葉葉尖先黃并向葉基擴展，且黃色鮮明略帶有橘紅色，新葉出生緩慢但顏色正常，秧苗僵而不發，一般不死苗，但易轉而發生立枯病。防治該病，關鍵是注意培肥，發病后及時澆水，并加適量敵克松，以預防立枯病的發生。

四、立枯病

該病是由真菌引起的侵染性病害，可使幼芽和幼根變褐、扭曲、腐爛；二三葉期病苗根暗白，出現斷續黃褐色壞死，莖基部變褐，軟化腐爛，葉尖停止吐水，隨后心葉萎垂卷縮，全株黃褐枯死，或全株迅速青枯。病秧基部多長有白色、粉紅色或灰黑色霉狀物；常成簇、成塊發生，有明顯的發病中心；一般分青枯、黃枯兩種類型。在秧苗兩葉期，要經常檢查葉尖有無吐水現象，若發現葉尖上無露水時，是立枯病發生的先兆，應立即用敵克松防治。每畝用65%敵克松可濕性粉劑1000倍液葉面噴霧。配藥時應先加少量水調成糊狀，再加水稀釋，使藥劑充分溶解，并注意使用敵克松時不與堿性農藥混用。