水稻惡苗病從苗期至抽穗期均可發生，一般有3個較明顯的發病高峰期。在播種后15天左右出現第一個發病高峰，在水稻分蘗高峰期出現第二個發病高峰，在水稻孕穗期出現第三個發病高峰。在前兩個高峰期發病較嚴重。帶菌種子是水稻惡苗病的主要傳染源，其次是病稻草。惡苗病病菌以分生孢子附著在種子表面或以菌絲體潛伏在種子內越冬。播種病谷或用病稻草覆蓋催芽，均可引起幼苗發病。苗期發病，病苗比健苗細高，葉片、葉鞘細長，葉色淡黃，根系發育不良，部分病苗在移栽前后不久死亡。病死植株表面產生分生孢子，能經風雨傳播到健苗，從傷口侵入，造成多次再侵染。但這種再侵染能力比較弱，在田間侵染健康稻苗的可能性很小。

       播前用藥浸種是防治惡苗病的有效措施，適用藥有氰烯菌酯、咯菌腈、乙蒜素、咪鮮胺等。但用藥量過低或用藥濃度過低會導致防效下降，造成惡苗病發生。用藥浸種時間過短，也會導致防效下降。部分地區水稻惡苗病病菌對咪鮮胺產生了抗性，在這些地區，宜換用氰烯菌酯、乙蒜素、咯菌腈等藥浸種。在水稻浸種過程中，病種子上的病菌會污染無病種子。水稻惡苗病病菌主要在催芽期間侵染芽谷，此時稻種堆積、溫濕度適宜，由部分稻種攜帶的分生孢子大量萌發，不僅侵染原來帶菌的稻種，還侵染原來不帶菌的稻種，使染病率大幅度提高。一般催芽的比不催芽的發病重，催芽時間越長發病越重。用藥浸種后不經催芽或催至露白播種能有效控制惡苗病發生。有研究表明，縮短浸種催芽的時間，對惡苗病也有顯著的預防作用，以干種直接播種最為明顯。相對于浸種催芽來說，干種直接播種對惡苗病的病株防效可達80％以上。

      上述移栽、機插稻田惡苗病發生較重，可能與浸種選藥不當、浸種質量差、催芽時間長等有較大關系。旱直播水稻，一般播種干籽，不催芽，病菌侵染率低，即使有部分帶菌種子，病菌一般也不會侵染健苗，因而發病輕或不發病。