預防稻曲病發生，關鍵要在水稻破口前5-7天用藥。此期使用生產上常用的井岡霉素就能對稻曲病起到良好的防治效果，一般每畝用5%井岡霉素水劑500毫升。近年來湖南、湖北、江西、江蘇、四川等地植保部門試驗應用銅高尚防治稻曲病，也取得了良好效果，對稻曲病的防效可達90%以上。用銅高尚防治稻曲病，最好在水稻破口前5-7天噴一次藥，水稻齊穗后再噴一次藥，每次每畝用銅高尚30毫升加水30公斤噴霧。

稻曲病病菌侵入稻谷后再噴施井岡霉素、銅高尚等藥劑，對染病稻粒沒有治療效果，田間染病粒數量不會減少也不會增加。但有關應用實踐表明，在田間稻曲病發生后噴施銅高尚，能減少產量損失，減輕病菌污染。

在生產上，田間稻曲病病粒一般較少，其本身對水稻產量的影響較小，但它們會對周圍稻粒的灌漿造成不利影響，使這些稻粒千粒重下降，對水稻產量影響較大。另外，稻曲病病菌產生的毒素對人畜有很強的毒性，用混有病粒0.5%以上的稻谷加工成谷粉后飼喂家畜、家禽，就會引起中毒。在田間稻曲病顯癥后，噴施銅高尚能將病粒菌塊中的病菌殺死，使菌塊在天晴時干縮、脫落，減輕對周圍健康谷粒的污染。在田間大部分稻曲病病粒剛露出淡黃綠色小菌塊時（大致在水稻破口后20天左右）噴施銅高尚效果較好，一般每畝用銅高尚50毫升加水30-40公斤噴霧，田間發病重的地段可以適當多噴藥液，這樣能使田間的發病稻粒基本不散出孢子（因用藥時間、田間發病情況和雨水條件等不同而有一定變化），健康稻粒受污染的程度大大減輕。