在雜糧中，玉米種子是最難保管的。這是由于玉米種胚較大，組織疏松，蛋白質和可溶性糖分含量高，并集中了占玉米籽粒80%的脂肪。所以，保管不善，容易吸收潮濕、感染、霉菌，發生霉變和酸敗現象，縮短壽命或喪失種用價值。

我國地域遼闊，南北氣候迥異，玉米栽培面積和總產量均次于稻麥而位居第三。玉米種粒的貯藏壽命與其自身含水量和氣象條件有密切關系。從溫濕度條件來看，全國年平均氣溫，東北和內蒙古地區在10℃以下，黃河流域在10—14℃，長江流域及其以南地區在15℃以上;年平均空氣相對濕度，黃河流域及其以北地區均在70%以下，內蒙呼和浩特只有55%，長江流域及其以南地區多在80%以上。氣溫和空氣相對濕度，從北往南均呈依次遞增趨勢。就玉米自身含水量而言，據試驗，在空氣相對濕度低于75%的條件下，穗軸含水量往往低于籽粒含水量，籽粒中的水分便不斷地被穗軸吸收，使其含水量下降，種子處在干燥狀態，有利于安全貯藏;反之，當空氣相對濕度高于75%時，穗軸含水量則高于籽粒含水量，并不斷地吸收空氣中的水分輸送到籽粒中去，種子含水量增高，影響安全貯藏。

由此看來，在我國黃河流域以北的廣大地區，具有玉米留種不脫粒貯藏得天獨厚的自然條件，在淮北地區農家也有帶穗貯藏的習慣。農民把玉米收獲后，剝開包葉，捆扎成束，晾曬干燥以后，成串成串地吊置在室內通風透光處越冬。貯藏過程中，籽粒含水量維持安全水分以下，盡管嚴冬低溫，種子仍安然無恙。但在長江以南的大部分地區，空氣相對濕度在80%以上時間較長，故要將果穗晾曬充分干燥后脫粒貯藏。由于化肥、農藥具有一定腐蝕性和揮發性，不能與種子同放一室，以免腐蝕種子細胞和種胚，降低種子質量。

粒藏的玉米種子在其含水量降至14%以下后，即可裝包堆垛于室內，將裝滿種子的包堆成兩列或四列，包間不留空隙，但要與墻壁留出50厘米的距離，每垛之間要留出60厘米距離，以利種子通風和隨時檢查管理，垛底用木板、席片鋪墊防潮，但不能用塑料袋裝種子，以免影響呼吸、降低發芽率或引起霉變。