接種就是把人工培養好的菌絲種點種到架曬好的耳棒上，使它在耳棒內發育定植，長出子實體來，這是黑木耳人工栽培最關鍵的一道工序，是生產上的一項重大的技術革新，它見效快，產量高。

    接種時，首先對耳場和耳棒進行消毒(用消毒藥品或火燒就可，對所用工具用酒精或開水消毒，人工可用肥皂水洗凈。選擇陰涼處進行，不要讓陽光直射菌種，切忌下雨天進行。

    接種時間，一般從2月到5月上旬，秋季在白露至寒露之間都可進行。接種時，視其不同種型，選用不同工具，如枝條種、三角木種；可用砍花斧砍口，把鋸末和枝條或三角木共同塞入砍口內，用斧背輕輕打緊，以不脫落為原則；鋸末種、顆粒種，可用10毫米手電鉆、打孔機或空心沖子打眼，把菌種塞入孔內，用樹皮蓋蓋上，輕輕打緊。

    點種的密度，一般的行距2寸，株距2.5-3寸，排成“品”字形或交錯成梅花形都可。耳棒的兩端密度要大，讓菌絲很快占領陣地，避免雜菌侵入。點種的深度，以透過樹皮進入木質部3-4分。