棉花苗期管理的中心是在全苗、齊苗的基礎上，使棉苗均勻生長，促進根系和地上部分的正常發育，達到壯苗、早發，為適時現蕾，多現蕾打下基礎。苗期的主要管理內容有：

    一、早查苗、補苗、放苗、補栽。棉花播種出苗后要及時查苗，發現缺苗斷壟及時補種或移栽，地膜棉出苗后及時放苗封土，防止燙傷苗和草害發生，尤其五一后出苗的，來不及放苗的，采取先捅然后放苗的措施。移栽棉田緩苗后對弱苗、病苗、死苗要及時補栽，使苗期達到苗全、勻、齊、壯，這是豐收的基礎。

    二、早間苗、適時定苗。北方直播棉田，棉苗出齊后要及時進行間苗，間苗能防止因棉苗擁擠而出現爭肥、爭水、爭光的現象，有利個體發育，避免形成高腳苗。適時定苗，定苗適期一般為2-3片真葉時進行，鹽堿地、重病地可適當晚定。北方留苗密度要根據地力為基礎，品種特性來決定，一般高產田每畝2000-2500株，中產田每畝2500-3000株，旱薄地3000-3500株為宜。南方近幾年有逐漸偏稀的趨勢，這對產量帶來一定影響，各地試驗結果，合理的密度應是，高產棉田及雜交種，每畝1300株左右，一般棉田及常規種1300-1500株左右，肥水較差的1500-1800株為宜。各地氣候、栽培、習慣不同差異較大，密度應因地制宜。

    三、中耕松土。棉田中耕具有疏松土壤、破除板結、流通空氣、提高地溫、調節土壤水分、消滅雜草、增強微生物活動，加速養分分解、利于棉花根系發育以實現壯苗早發。中耕次數要因地制宜，做到雨后必耕，地板有草必耕，保持土壤疏松。中耕深度宜先淺后深，首次深度2-3厘米，現蕾前可達6-9厘米。

    四、施好提苗肥。對底肥充足、土壤肥沃的棉田一般苗期不施追肥，但土壤瘠薄施肥不足的棉田，應輕追一次苗肥，苗肥一般畝施尿素2.5公斤，并配以適量磷、鉀肥最好。

    五、遇旱及時澆水與防澇排漬。棉花苗期需水不多，北方一般播前澆過底墑水，墑情充足的棉田，苗期不澆水，以免降低地溫，引起苗病。對土壤墑情差、鹽堿地或麥套棉田，苗期可進行澆水，特別是麥收前后澆水是保苗促早發的有效措施。苗期澆水水量宜小，宜溝灌。

    六、早防病蟲害。立枯病，炭疽病和猝倒病多發生在出苗后半月內，早發枯萎病發生高峰期在5月下旬，是造成死苗的主要原因，歷年發病較嚴重的地塊應及早進行預防，以中耕松土、扒土曬根，遇雨及時破除板結，結合定苗拔除病株，噴施葉面肥、調節劑等農業措施為主，配以相應的藥劑防治為輔。造成棉花缺苗的蟲害主要是地老虎，地老虎的集中危害期在5月中下旬，要及時檢查及時防治，低齡期可用樂斯本、乙酰甲胺磷、辛硫磷等農藥噴霧防治，對大齡地老虎可采用以上農藥拌成毒餌撒于行間進行防治。苗期盲蝽象主要發生在5月中下旬，當與棉蚜、紅蜘蛛、薊馬等害蟲同時發生時，可用馬拉辛硫磷+啶蟲瞇+阿維菌素等復配農藥進行綜合防治。