菇棚殺菌處理的第一個環節，就是對棚外環境的清理和殺菌，包括棚外雜草、垃圾等應徹底清理干凈，清理衛生后，地毯式噴灑600倍多菌靈溶液。其次，揭去棚上草苫，清理并整理平棚內地面，使用賽百09或百病傻對墻體、地面、立柱、通風孔等進行地毯式噴灑，然后封閉菇棚，任其日曬升溫，在高溫作用下，藥物得以充分滲透，使黏附藥液的雜菌孢子及病菌蛋白凝固，失去活性，達到殺菌目的。如果老菇棚上季栽培曾發生過某些病害，則應當在用藥后2～3天再重噴一次，以求徹底。

    二、發菌期管理

    1.盡量嚴格閉光。發菌期間應盡量避免光照，尤其不允許強光直射。目前不少栽培者對該項持“無所謂”的態度，是既不科學又有害的，長時間的光照刺激，可使得菌袋一旦完成發菌就會現蕾，根本無法控制出菇時間。正確的做法是自播種后即應進行避光，除進入的觀察、翻袋操作外，不得有光照進入菇棚。

    2.加強溫度管理。菌絲生長適宜溫度為25℃，如在低溫季節發菌，可采用火爐升溫，條件稍差時，可在棚內上方吊一層黑色塑料膜或遮陽網，天氣晴好時，揭去草苫，使棚內升溫，但又不形成陽光直射菌袋；有條件的可安裝水溫空調，一年四季均可發揮作用。

    3.適當調控濕度。空氣濕度對發菌的影響較大，應小心對待，如春季發菌，氣候干燥，應適當給予增濕，一般可調至空氣濕度70%左右，但如果初秋或夏季發菌，如天氣連續長時間陰雨，空氣濕度居高不下，則應采取有力的降濕措施，方可保證發菌的順利進行，可在棚內放置生石灰，使之吸水，并趁天氣晴好時及時給予通風，以降低棚內二氧化碳濃度。

    4.給予合理通風。菌絲生長期間需要少量的氧氣，些許通風即可滿足，但應注意菇棚內外的溫度交換，溫差過大時，應予考慮具體的通風時間。如夏季發菌時，盡量晚間通風，低溫季節則盡量安排中午時分等。
 
    5.預防病蟲危害。在整個發菌期間，每5天左右噴灑一次百病去無蹤或賽百09溶液，以防止雜菌病害的發生；發現污染菌袋，隨即移出菇棚進行單獨處理；尤其春季，經常噴灑菊酯類藥物以驅殺害蟲。

    6.堅持后熟培養，形成爆發式出菇（詳見《爆發出菇新技術》）。