根據不同類型的花卉及生產的實際需要，可考慮在以下各時期中進行若干次選擇，棄劣選優。

1、幼苗期選擇：在移植或定植時，根據性狀的相關性進行一次選擇。

2、初花期選擇：早花品種的良種繁育在這上時期去劣，能有效地保持早花性。

3、盛花期選擇：在這個時期對花朵的典型性進行選擇。一般采取混合選擇的方法，即按照某些花卉的觀賞特性和經濟性狀，從一個原始的混雜群體或品種當中，選出具有優良花色或優良性狀的植株，種植后次年再與標準品種進行鑒別比較，這樣經過一次或多次選擇，選出后代不再分離的優良植株。但有些花卉如雞冠花、金魚草、石竹類、瓜葉菊、三色堇等，品種間極易天然雜交，引起品種混雜、退化，應注意品種隔離。另外，對于某些菊科花卉，如瓜葉菊、波斯菊等，其花由舌狀花與管狀花兩部分組成。選擇此類花卉的留種單株時應特別注意不引人注目的管狀花的顏色。如果單純依據引人注目的舌狀花的顏色選擇留種單株，則往往造成優良花色逐步退化的情況。

二、選擇部位：同一單株不同部位的花序或小花所產生的種子，其保留品種典型性程度也不同。通常在種株上最先開的花，能比晚開的花產生更好的種子后代，如花較大，花期較早。如雞冠花以中央花序的中下部的種子結實率高，還有百日草、千日紅、紫茉莉、半支蓮等。（若為選育晚花品種則應摘去早開的花，而用晚開的花留種）。對于某些花朵著生于主枝和側枝上的花卉品種，如矮牽牛、波斯菊、金魚草等，每個果實中的種子重量一般是由下而上遞減，發芽率也同樣由下而上遞減，它們所產生的后代在長勢上也有顯著差異。這樣就要選擇下部花朵所產生的種子。可是當播種過早，或春季天寒時，往往也有最下部果實的種子重量較小的情況，這時最大的果實和最重的種子著生在莖枝的中部。要選留主枝上的花蕾，去除側枝上的花蕾。種子一定要充分成熟。可分一次或多次采收。

即使同一花序不同位置的種子，它們的后代保留品種典型性的程度也不同，如翠菊、萬壽菊、矢車菊等菊科花卉中，著生在花盤邊緣的種子，最能保持其優良性狀。