在棉花出苗時，常會出現一些畸形棉苗，尤其是育苗的苗床上，畸形苗的幾率要比大田直播的高得多。這些棉苗個體發育不良，很難生長成健壯幼苗，嚴重的引起死苗，造成缺苗斷壟，影響整齊度。
   
　　生產中常見的畸形苗 帶殼苗：子葉出土時棉子殼未能脫掉。主要原因是播種過淺，子葉出土時膨壓小，尤其是用未經浸種的毛子播種和在墑情不足的棉田易出現此類棉苗。蹺腳苗：胚根伸出后突破表土向上生長，形成根的負向地性。主要原因是播種時深淺不一，苗床覆土薄厚不均，造成部分棉子外露，易出現此類棉苗。胖腳苗：棉苗出土后子葉小、幼莖肥大。主要是由播種過深或苗床覆土過厚，棉苗出土時胚軸細胞膨壓增大，子葉養分消耗過多而形成的。此外肥水條件好、光照不足也易出現此類棉苗。縮葉苗：出苗后子葉皺縮成團。主要是由在出苗過程中突然遭遇低溫凍害而造成的。雞爪苗：主要出現在育苗的苗床上，子葉形成缺刻畸形。主要是由植物生長調節劑施用不當造成的。銹苗：幼根尖端產生銹斑以至腐爛。主要是由播種時覆土鎮壓過緊或土壤濕度過大，出苗時氧氣不足造成的。線狀苗和團狀苗：出土幼苗纖弱或成團。主要是由播量過大、棉子擁擠排列不當、營養不足造成的。出苗時幼莖纖細還極易纏繞成團形成球狀苗。
   
　　預防措施 為使棉田一播全苗，達到苗齊、苗勻、苗壯，播種時要注意以下幾點。一是使用脫絨包衣種子，提高出苗率。避免使用毛子下種。若用毛子播種一定要用溫水浸種或澆足底墑水。二是播種深度要一致，掌握在2~3厘米。營養缽育苗每缽播1個子，大田直播要力求下種均勻。三是春季播種要結合當時的氣溫、地溫和墑情，一般日平均氣溫在25℃左右，5厘米地溫穩定在14℃~16℃，土壤含水量60%~70%。四是育苗移栽要掌握苗不移載、膜不離床，要根據天氣情況對棉苗進行放風煉苗。五是除草劑和植物生長調節劑施用時一定要按照說明嚴格操作，不得隨意加大用量。