培養條件人為控制：植物克隆中的植物材料完全是在人為條件下生長的，幾乎沒有外界不利因素的影響，且條件均一，有利于植物生長。由于植物克隆不受氣候和季節的限制，因此，在進行苗木繁殖時便于穩定地進行周年生產。

生長周期短繁殖速度快：植物克隆可人為控制培養條件，生長周期短，往往幾天到幾十天可完成一個繁殖周期，每一繁殖周期可繁殖幾倍到幾十倍，甚至上百倍，植物材料能按幾何級數大量遞增，成本低廉，利于工廠化大生產，尤其在良種苗木及優質無毒種苗的快速繁殖方面是其他任何方法無可比擬的。

管理方便，利于自動化：植物克隆是在一定的場所環境下，進行高度集約化的科學生產方式，與盆栽、田間栽培等方法相比除去了中耕除草、澆水、施肥和防治病蟲等一系列繁雜勞動，可以大大節省人力、物力及田間種植所需要的土地，便于實現流水線作業，如2—3人，在20—30m2的培養室里1年就可以生產幾十萬株苗。因繁殖材料微型化了，空間的利用提高了幾十倍或幾百倍，每天接種繼代增植，培養容器不斷地周轉，如工廠流水線似的生產，所以效率是相當高的。

材料經濟節省種量：由于植物具有全能性，故單個細胞、小塊組織、莖尖或莖段等外植體經培養均可獲得再生植株。在生產實踐中以莖尖、根、葉、子葉、下胚軸、花絲、花瓣等材料進行培養時，只需要幾毫米甚至不到1mm大小的材料就可獲得一株苗木；在細胞及原生質體培養時，所需材料更少。由于取材少，培養效果好，對于新品種的快速繁殖和良種復壯更新都有很大的應用價值，特別是良種苗木，有的是經過幾十年培育出來的，有的是瀕危植物，這些珍稀繁殖往往以單株的形式存在，均面臨保存、利用和開發繁殖的問題，而單靠常規無性繁殖方法，需要幾年或幾十年才能繁殖為數不多的苗木，而用植物克隆方法可在短期內生產上百萬株苗木，同時可節省大量的種子。

培育無毒苗：采用扦插、嫁接、分株及埋條等營養器官繁殖的苗木，都有可能攜帶一種甚至多種病毒或類似病毒，對苗木的生長及產品質量和產量都會產生不良影響。在植物克隆中，利用微莖尖培養可脫除植物所帶病毒，獲得無毒苗，以此作繁殖材料，可繁殖大量無毒苗木，以滿足生產需要。果樹無毒苗生長快、抗逆性強、結果早、果品產量和品質均得到大幅度提高。花卉無毒苗，植株生長勢強，花朵變大，色澤鮮艷，抗逆性提高，產花量上升。農作物無毒苗，產量和品質提高。

可獲得突變體：在植物克隆中，常常無意中獲得突變體、多倍體新品種，這種突變體新品種有更多的優越性，具有抗病、抗鹽堿、花朵大、變色、觀賞價值和經濟價值更高的新品種（但絕不是變異體），根據突變體誘變因子變化規律，把試管苗置于低溫的條件下誘變和篩選抗寒植株，也可以把試管苗，置于鹽分含量高的培養基上篩選耐鹽、耐旱突變體新品種，通過這種試管苗篩選植物突變體的方法在生產中被廣泛應用。