雞爪菌　即叉狀炭角菌，是近年來危害嚴重的一種病原真菌，主要發生在雞腿菇的子實體生長階段，其子實體酷似雞爪，俗稱為“雞爪菌”。雞腿菇菌絲生長時，受土壤中霉菌菌絲侵擾，二者結合扭結發生變態，長成雞爪菇。發生時呈暗褐色、尖細、基部相連，其菌絲與雞腿菇爭奪養分并抑制雞腿菇菌絲生長，造成雞腿菇嚴重減產，甚至絕產。雞爪菌多在春末夏初及二潮菇后大量發生，陰暗、溫度高、濕度大、通風不良、菌床水分多時易誘發此病。病源為培養基或覆土中攜帶病原菌。無公害防治：一是使用優質的純菌種。二是培養抖中加入0.1%～0.2%的50%多菌靈或克霉王等，抑制雜菌生長。三是堆積發酵要徹底，選用覆土要慎重，必要時進行消毒處理。四是在氣溫偏高的季節栽培時，最好不脫袋覆土出菇，避免相互傳染。五是管理上注意降溫、降濕、加大通風、避免菇棚內積水。六是一旦發現雞爪菌要及時挖除，防止孢子成熟和擴散，并對染病處用無公害的藥物處理。
          
    腐爛病 是由細菌引起的常見病害，危害較重。染病予實體初為褐色，后菌蓋變黑腐爛，最終只殘留菌柄。高溫高濕、通風不良時易誘發此病，夏季反季節栽培時發病率高。無公害防治：投料前用石灰水、燒堿等對菇棚進行消毒。空氣濕度及覆土含水量要稍低。發病初期可用農用鏈霉素（濃度100～200毫克/100毫升）防治。及時拔除病菇，以防傳染。
         
    褐斑病 染病初期，子實體菌柄和菌蓋上出現褐色斑塊，逐漸擴大，最終使整個菇體變褐。覆土層和環境的濕度過大及出菇期間噴水不當易誘發此病，夏季反季節栽培時易發生。無公害防治：出菇期覆土含水量不宜過高，以土壤不粘手、表層土露白為宜。出菇期盡量避免向幼菇上噴水，環境濕度大時，應加強通風降濕。
         
    褐色鱗片菇 表現為菌蓋表面鱗片多，并呈褐色，是一種生理病害。主要是光照過強、濕度偏低而引起鱗片變色。預防該病發生，出菇期間應做好遮光管理，使其處在弱光下生長，避免強光照，相對濕度在80%～85%，若低于70%時要及時向墻壁和地面噴水。