番茄猝倒病發生于苗期。幼苗受害后，莖基部呈水浸狀病斑，病部很快變黃褐色，并縊縮呈線狀，由于病情的迅速發展，可在子葉尚未凋萎之前，幼苗即折倒。有時幼苗尚未出土，胚莖和子葉就已經腐爛。苗床開始發病僅個別幼苗表現病癥，并以此中心向周圍擴展，濕度大時，幼苗成片猝倒。病苗殘體表面及附近床面長出白色絮狀菌絲。   

    主要防治措施是進行開展苗床土消毒。土壤植物病菌重要的越冬場所，存在著大量的病原菌，特別是用帶菌田土做苗床土，更容易攜帶病菌。為減少番茄苗期病害的發生，必須徹底做好苗床土壤消毒工作。常用的藥劑有代森鋅、多菌靈、拌種雙、福爾馬林等。具體方法：一是用50％多菌靈或40％拌種雙，每平方米8—10克，如前配成藥土施用；二是用福爾馬林熏蒸，在播種前2—3周，為床土耙松，澆灑100倍液的福爾馬林，每平方米床土用藥液2—4千克并用塑料布或用麻袋覆蓋4—5天，然后揭去覆蓋物耙松處理過的床土。2周后，待藥液充分揮發后可播種；三是有條件的，可采用蒸汽加溫處理，進行苗床土消毒。發現少量病苗時，應拔除病株，撒施少量干土或草木灰去濕，適當通風排濕；及時分苗，并進行局部施藥，抑制病害發展。可選用的藥劑有：75％的百菌清可濕性粉劑600倍液，或64％殺毒礬M8可濕性粉劑500倍液，或72.2％普力克水劑400—600倍液澆灌，每平方米2—3升，隔7—10天1次，視病情防治1—2次。