在草菇生產過程中，常可見到成片的幼菇萎蔫進而死亡，給草菇生產帶來嚴重損失。幼菇死亡的原因很多，主要有以下幾點。
　　培養料偏酸草菇喜歡堿性環境。pH值小于6時，幼菇很難長大，因為酸性環境適合綠霉、黃霉等雜菌的生長，這些雜菌與草菇幼菇爭奪營養，引起草菇幼菇的死亡。因此，在培養料配制時，應適當提高培養料pH值；采完頭潮菇可噴1%的石灰水或5%的草木灰水，以保持培養料pH值在8左右。
　　培養料溫度偏低草菇幼菇生長對溫度非常敏感，一般培養料溫度低于28℃時，草菇幼菇生長受到影響，甚至死亡。
　　用水不發草菇幼菇對水溫有一定的要求，一般要求水的溫度與室溫差不多。若在炎熱的夏天噴20℃左右的深井水，會導致幼菇大量死亡，根據草菇子實體生長發育的不同時期，正確掌握噴水方法。若子實體過小，噴水過重會導致幼菇死亡。在子實體針頭期和小紐扣期，料面必須停止噴水。如料面較干，可在栽培室的過道里噴霧或給地面倒水，以增加空氣的相對濕度。
　　采菇損傷草菇菌絲比較稀疏，極易損傷，若采摘時動作過大，會觸動周圍的培養料，造成周圍幼菇菌絲斷裂而使水分、養分供應不上。因此，采菇時動作要盡可能輕。采摘草菇時，一只手按住草菇的生長基部，保護好其他幼菇，另一只手將成熟菇擰轉摘起。如有密集簇生菇，則可一起摘下。