松本錦具有諸多優點的同時，也存在斑點落葉病和水心病嚴重的缺點，根據其病害發生規律和發病特點，我們的防治經驗有七點：

一是徹底清園。盡可能減少越冬病菌基數。發芽前噴布石硫合劑鏟除病原。上年發病重的果園間隔10天再噴1次。

二是早用藥，早補鈣，抓好謝花后3遍藥劑的使用。

三是噴藥時加入葉面肥，如尿素、光合微肥、氨基酸復合液肥等，增強葉片的功能和抗病能力。進入雨季，每遍藥均加入展著劑防雨水沖刷。噴藥時噴霧壓力要強，霧滴要細，噴布周到，特別是葉片背面一定要噴嚴。

四是禁用波爾多液，松本錦對波爾多液中的銅較敏感，施用不當時果面易發生紅褐色藥害斑點，影響果品的產量和質量，應選用其他非銅制劑代替。

五是重施有機肥，控制氮肥。松本錦蘋果采果后，應重施有機肥，一般每畝施腐熟的雞、鴨、豬糞4000-5000千克，有機肥不僅可以提高土壤有機質含量，增強樹勢，還可以增強土壤對鈣的保持能力，減少鈣的流失，從而減輕水心病的發生。化肥選用多元素復合肥，不單施碳酸氫銨或尿素。

六是正確土施鈣肥，對于易發水心病的松本錦果園按每畝增施碳酸鈣或硝酸鈣100千克。適量的硫酸鎂和硼砂應與有機肥混合腐熟后施用，不可單獨施用。

七是疏花疏果，合理負載。松本錦蘋果容易成花，自然坐果率高，故應嚴格進行疏花疏果。花后1-2星期留中心果，去病果、邊果、小果。一般長果枝留2-3個果，中果枝留1-2個果，短果枝留1個果，以每畝產量不超過2500千克為宜。