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辣椒根腐病通常病部僅局限于根部和莖基部。植株發育不良，較矮小。后期病株白天萎蔫，傍晚至次日清晨尚可恢復，反復多日后植株枯死。早春和初夏陰雨連綿、高溫、高濕、晝暖夜涼的天氣有利發病，種植地低洼積水，田間郁閉高濕，莖節受螻蛄為害傷口多，或施用未充分腐熟的土雜肥，會加重病情。連作地、低洼地、粘土地發病重。
①農業措施：因地制宜種植早熟品種。施用充分腐熟的有機肥，采用配方施肥技術，有降低發病的作用。與豆科、禾本科作物進行3～5年輪作。選用無病種子，從無病果實上采種。在定植前用10毫克/升ABT4號生根粉溶液浸泡辣椒根系，然后定植。定植后溫度控制在20～30℃、地溫25℃、濕度不高于90％。使幼苗茁壯成長。采取高畦（壟）栽培。避免大水漫灌，雨后及時排水，防止田間積水。灌水和雨后及時中耕松土，增強土壤通透性，促進根部傷口愈合和根系發育。
②藥劑防治：發病初期噴灑或澆灌50％甲基硫菌靈·硫磺懸乳劑800倍液，或50％根腐靈可濕性粉劑800倍液，或50％殺菌王水溶性粉劑1000倍液，或50％多菌靈可濕性粉劑500倍液，或50％地靈可濕性粉劑800倍液，或50％甲基托布津可濕性粉劑500倍液，或10％雙效靈水劑200～300倍液，或75％敵克松可濕性粉劑800倍液，或40％混殺硫膠懸劑500倍液，每667平方米噴藥液50升，隔10天左右1次，連續2～3次。采果前3天停止用藥。
