芝麻青枯病：俗稱芝麻瘟，是由細菌引起的病害。病菌從根部傷口侵入或從自然孔口侵入，并在植株導管內從下向上蔓延。該病病菌隨病株殘體在土壤中越冬，借流水或農事操作傳播。發病高峰多在夏季7~8月份。暴風雨過后，溫度驟然升高，有利于病害發生流行。

芝麻疫病：是一種毀滅性病害。主要危害芝麻莖基部、莖部、蒴果、葉片。該病病菌以菌絲或卵孢子在病株殘體中越冬。翌年病菌侵染莖基部，產生孢子囊，借風、雨、流水傳播，進行擴大再侵染。7月份芝麻現蕾期開始發病，8月份達到發病高峰。多雨潮濕受害重。

選用抗病品種及種子處理：選擇優質高產、耐漬、抗病性強品種，如豫芝8號、易芝1號等。播種前用55℃溫水浸種10分鐘或60℃溫水浸種5分鐘，晾干后播種。或用五氯硝基苯加福美雙拌種（1∶1），用藥量占種子重量的0.5-1%；或用0.5%硫酸銅溶液浸種半小時，均有較好防效。

農業防治：芝麻土傳病蟲害嚴重，最忌連作。芝麻與棉花、甘薯及禾本科作物實行3~5年輪作，能較好控制病害發生流行。芝麻收割后及時清除田間病殘體，集中燒毀或深埋以減少越冬菌源。及時拔除病株，帶出田外銷毀，防止病菌擴散蔓延。加強肥水管理，增施基肥，基肥以中遲效有機肥為主，并混施磷、鉀肥，苗期不施或少施氮肥，培育壯苗，使病菌不易侵入。采用高畦栽培，及時清溝排水，防止田間有積水，降低田間濕度。

藥劑防治：在病害發生前噴藥保護，或發病初期用藥。防治藥劑有37%枯萎立克可濕性粉劑800倍液，40%多菌靈懸浮劑700倍液，50%甲基托布津可濕性粉劑800-1000倍液，80%硫酸銅可濕性粉劑800倍液等。