忌用腐蝕性肥料 碳酸氫銨、氨水等，具有揮發性和腐蝕性，易熏傷種子和幼苗。過磷酸鈣含有游離態的硫酸和磷酸，會對種子發芽和幼苗生長造成傷害，一般不宜做種肥。這類肥料要在翻耕時施入，或施在播種溝下層，不與種子直接接觸，或與土雜肥混合施用。

忌用具有毒害作用的肥料 尿素在作物的生長過程中，常生成少量的縮二酸，縮二酸的含量若超過20%，對種子和幼苗就會產生毒害。另外，含氮量高的尿素分子透入種子的蛋白質分子中，使蛋白質變性，對種子發芽和幼根產生毒害。

忌用含有氯離子的肥料 氯化鉀、氯化銨等化肥含有氯離子，施入土壤后會產生水溶性氯化物，對種子發芽和幼苗生長不利，甚至燒種燒苗。硝酸銨、硝酸鉀等肥料含有硝酸根離子，對種子發芽有毒害作用。

忌用強堿性肥料 強堿性肥料有窯灰鉀肥、鋼渣磷肥等。窯灰鉀肥含鈣較多，吸水性強，吸水后形成熟石灰，放出大量熱量，易燒壞種子和幼根。作種肥時，必須與高于10倍的有機肥料充分混合，施入播種溝（穴）下層，勿與種子直接接觸，并注意播種后及時覆土，以防危害。

忌用未經腐熟的人畜糞 一般經過充分腐熟的人畜糞尿等農家肥可用作種肥，于播種時施在種子附近，效果很好。但如果將未經腐熟的生糞作種肥，因肥料在發酵過程中會釋放大量熱能，不僅極易造成燒根，而且釋放出的氨氣還會灼傷幼苗。人畜糞等農家肥，要經過堆漚高溫發酵，充分腐熟后方可用作種肥。