疫病 疫病是保護地韭菜的主要病害。受害部位均出現水漬狀，葉片與花薹病部為深綠色，而根與鱗莖則為淡褐色，病部均無明顯邊緣。潮濕時病部產生白色稀疏的霉層，干燥時病葉變成枯黃色。染病的植株根、莖軟腐不能正常吸收水分和養分，致使地上部分折倒或干枯。疫病的發生與排水有關，防治時要注意排水降濕，在發病初期可用25％瑞毒霉600倍液，或58％甲霜靈錳鋅500倍液，或40％乙磷鋁200~300倍液，72%普力克1200倍液，72%克露可濕性粉劑600倍防治，每畝用藥液40~50公斤，隔7~10天噴1次。

灰霉病 發病時先由葉片尖端向下發展，發病初期葉片正面和背面產生白色或淡褐色花斑。隨著病情的發展，病斑擴大成梭形或橢圓形，最后病斑連片，病葉干枯。潮濕時病葉上產生灰至灰綠色密集的霉層。防治上除排水降濕外，可用噴霧法在發病初期，每次收后培土前都要噴藥，輪換噴淋50%多菌靈或70%甲基硫菌靈可濕性粉劑500倍液，必要時可選用50%速克靈或50%撲海因及50%農利靈可濕性粉劑1000～1500倍液，交替使用，每隔7天1次，連續防治2～3次。　　

根蛆  韭菜根蛆簡稱韭蛆，成蟲叫遲眼蕈蚊。以幼蟲聚集在非菜地下莖和柔嫩的莖部肯食為害，造成腐爛，地上部莖葉變黃、枯死。韭蛆一般每年有3個主要危害盛期，即4月上旬至5月下旬，6月上旬至中旬，7月上旬到10月下旬，其中以第三次危害最盛。防治對策：在成蟲羽化盛期，用2.5％綠色功夫菊酯或2.5％敵殺死或20％殺滅菊酯3000倍液，于上午9～10時均勻噴霧，10天1次，連噴3～4次。殺滅成蟲，減少產卵繁數量。藥劑澆灌施藥發現韭菜葉尖發黃，植株零星倒伏時，每667平方米用48％樂斯本200～250毫升對水1000公斤用卸去噴片的噴霧器順壟噴入韭菜根部，3～5天見效，持效期25～30天。隨灌溉水施藥每667平方米用48％樂斯本300～500毫升對適量水制成母液，然后在入水口處慢慢注入水流中，使其隨水流灌入韭菜根部。　　　

生理病害 韭菜發生干尖、葉枯、死株現象，有時還與土壤酸化、氨中毒、高溫及低溫引起白尖爛葉有關，缺鈣、缺硼、錳過剩亦會引起葉尖黃化，可有針對性地采取防治措施。