一、前期防治 ⑴種苗準備苗圃選擇抗病品種育苗，淘汰病弱苗，培育健苗壯苗。⑵茬口選擇選擇通風透光的地塊，玉米、小麥等比較優良的前茬，忌選用重茬、胡蘿卜茬，以及大蒜等百合科蔬菜茬口，盡量避開秋白菜、洋芋等容易造成土壤病害殘留物的茬口。⑶高壟種植有條件的區域提倡實行壟作，洋蔥定植于高畦上，可減少水淹、降低病原侵染的機會。⑷加強田間管理及時中耕、除草，提高地溫，促進洋蔥發育，有利于洋蔥群體抵抗軟腐病病菌的入侵感染。

二、生長期防治 ⑴積極防蟲及時防除洋蔥根蛆、薊馬等蟲害，減少因蟲食造成的傷口和軟腐病感染的機會。⑵合理澆水避免大水漫灌、串灌，減少病原菌隨水流在田間的擴散傳播。⑶化學防除7月初經常到田間檢查，發現中心病株及時進行局部灌苗式噴藥，同時進行全田噴霧預防，可首選72%農用鏈霉素5000倍+獸用青霉素30000倍、可殺得2000500～600倍液+72%農用鏈霉素可溶性粉劑4000倍液噴藥防除，每隔一周噴一次，連續噴3次。

三、后期防治 將田間洋蔥殘留物集中焚燒。