第一，將棚內食用菌廢料全部清除，地面打掃干凈。若不清理棚內的食用菌廢料，不僅容易滋生雜菌，導致棚內病原菌孢子量增大，不利于消毒，而且菇蠅等食用菌害蟲也大量繁殖，為以后食用菌生產埋下了隱患。

第二，進行藥劑消毒。可選擇硫黃、甲醛-高錳酸鉀、二氯異氰尿酸鈉等熏蒸殺菌。這三者之中，硫黃燃燒后產生的二氧化硫能夠起到殺菌、殺蟲的雙重作用，但使用時產生的二氧化硫容易與空氣中的水蒸氣接觸形成亞硫酸，腐蝕菇棚內的鋼絲等。使用甲醛-高錳酸鉀消毒時，則要注意先倒粉劑后倒水劑，即先將高錳酸鉀倒入容器中，然后將甲醛倒在高錳酸鉀上，以免甲醛與高錳酸鉀反應劇烈，藥液濺到身上。二氯異氰尿酸鈉使用方法最為簡單，只要按照每立方米空間3克的用量、每畝15～25個點將藥劑設置在棚內，點燃即可。

有條件的菜農可先將菇棚上部的棚膜撤掉，利用紫外線殺菌，同時通過雨水淋洗，在自然條件下讓土壤中的有益微生物大量繁殖，抑制菇棚病菌的發生，在新料進棚之前再用藥劑消毒。使用臭氧消毒機殺菌消毒的菇農要注意，因為臭氧消毒機功率不同，殺菌范圍也不同，對于面積較大的菇棚，應先用棚膜隔開，分段消毒，以保證消毒效果。

第三，及時通風換氣。當菇棚殺菌消毒完成后，要注意及時通風換氣，將棚室內的有毒氣體排到棚外。