菌核病主要危害西瓜的莖蔓、葉片和果實。莖基部染病，初生水漬狀斑，后擴展成淡褐色大斑，造成莖基部軟腐或縱裂，濕度大時病部著生白色絮狀菌絲體，導致病莖枯死。葉片染病，葉面出現灰褐色濕腐狀大斑，濕度大時病斑上著生白色絮狀物，葉片腐爛。瓜染病，多在幼瓜的花蒂處出現水浸狀斑，擴大后呈濕腐狀，瓜面密生白色絮狀菌絲體，后期病部出現鼠糞狀菌核。該病發生的適宜溫度為15～20℃、相對濕度在85％以上，即棚內低溫高濕有利于發病。連年種植瓜類、茄果類、十字花科作物的田塊，以及排水不良的低洼地、偏施氮肥的地塊發病重。

防治大棚西瓜菌核病，應采取綜合措施。（1）水旱輪作。沿海地區春大棚西瓜6月底清田后接茬栽插水稻，菌核在水中1個月就會腐爛。（2）種子消毒。用50℃溫水浸種10～15分鐘可殺死菌核。（3）覆膜抑菌。定植前畦面全部覆蓋地膜，可以抑制子囊盤出土釋放子囊孢子，減少菌源。（4）調溫控濕。推廣應用膜下軟管滴灌技術，既節約用水又降低棚內濕度。早春晴天上午以悶棚為主，讓棚頂水珠霧化，中午及時通風散濕，夜晚注意覆蓋保溫，減少葉片結露。（5）噴藥防病。發病初期用50％腐霉利可濕性粉劑1000～1500倍液，或70％甲基硫菌靈可濕性粉劑800～1000倍液，或40％多菌靈膠懸劑500倍液，或甲霉靈65%甲硫·霉威可濕性粉劑800～1000倍液，或施佳樂400克/升嘧霉胺懸浮劑600～800倍液噴霧防治，每隔5～7天一次，連續防治3～4次。噴藥要避開中午高溫時段，以免產生藥害。（6）煙劑熏煙。4—5月遇連續陰雨天氣，及時將病株上的爛花、爛瓜、爛葉、爛蔓清出棚外深埋，同時每畝用10%腐霉利煙劑或45%百菌清煙劑250～300克熏煙防治。在傍晚關閉大棚后均勻布點5～6個，由內向外依次點燃煙劑，次日充分通風換氣后人才能進棚。根據病情每5～7天熏一次，連熏2～3次。值得注意的是，煙劑只能在大棚、中棚和溫室中使用，不能直接在小拱棚西瓜上使用，以免產生藥害。