害蟲既是食用菌直接侵害者，又是病原菌在侵染的重要媒介，因此，防病與除蟲要同步進行。在采取一切防患措施的基礎上，適當選用一些高效、低毒、低殘留的化學藥劑防治，可以把病蟲為害控制到最小的限度。常用的化學藥劑如下：

1.石灰  栽培蘑菇、草菇、瓶菇所用的稻草可用1％～2％的石灰水調至呈微堿性反應，又利防病很促進菌絲體的生長；采菇后也可用石灰上清液噴灑，有利產量的提高和防病。菇床培養料發現局部受木霉為害時，可用紗布包石灰粉，直接在污染處撒一薄層，可控制病害的擴展蔓延。棉塞受脈胞霉為害時，可將棉塞經火焰滅菌后，再在棉塞上撒石灰粉。段木栽培受一些大型真菌如紅栓菌等的為害時，在刮除子實體后，期刮傷面應及時用5％石灰水（或波爾水液）涂抹，防止再生。

2.硫磺   菇房進料前的消毒，可用硫磺多點煙熏，劑量微5克/立方米，點燃硫磺后密閉48小時，過1～2天后進料。

3.煤油或柴油  棉塞、膠布等處如發現有粉紅色的脈孢霉霉層時，應及時滴上適量的煤油或柴油，然后用薄膜包扎，可使霉層糜爛。

4.甲醛  菌種袋或菌種塊層局部受木霉等雜菌污染時，可用2％甲醛溶液注射或涂抹。蘑菇培養料受胡桃肉狀菌感染時，應及時將受污染的培養料及覆土挖掉，，再用2％甲醛溶液噴灑感染的床面。

5.漂白粉   菌袋局部發生木霉時，可用10％的漂白粉溶液涂抹。菇房四壁、地面、床架等使用前可用漂白粉水消毒，一般用量為0.5公斤漂白粉溶于75公斤水中。

6.抗生素  母種培養基加入適量抗生素如鏈霉素、慶大霉素、金霉素等可抑制細菌的生長，加入量一般以每毫升含100～200單位為宜。銀耳發現受紅酵母為害時，應及時刮除有病的子實體，并噴灑每毫升100～200單位鏈霉素。

7.過磷酸鈣  有些病原菌如白色石膏霉。褐色石膏霉等喜高溫、偏堿條件，堆料時可適當增加過磷酸鈣和石含量，既可提供營養又有防病作用，在菇床上局部發生這些病菌時，也可將過磷酸鈣直接撒在發病的料上，能抑制病菌的蔓延。

8.波爾多液   一般用磷酸銅1公斤、生石灰1公斤和水100公斤配制而成，隨配隨用。蘑菇貝勒貝孢霉病的病原菌對銅制劑很敏感，用波爾多液或硫酸銅稀釋液直接噴灑發病部位，對控制病害的擴大有一定作用。

9.敵百蟲   草菇折翅菌蚊、平菇厲眼蕈蚊等發生嚴重時，可在出菇前或采菇后用90％敵百蟲1000倍液噴灑。

10.敵敵畏   菇、耳房周圍定期噴灑50％敵敵畏1：1000倍液、可有效消滅蟲源。

11.溴氰菊酯   平菇厲眼蕈蚊發生嚴重時，可于采菇后用2.5％溴氰菊酯1500～2000倍液噴灑。

12.毒餌誘殺   黑腹果蠅等成蟲喜在爛果或發酵物上取食和產卵，可取一些爛果和酒渣放在盤中，倒入少量50％敵敵畏1000倍液以誘殺成蟲。廝腐蠅成蟲對醋酒液有趨性，可用酒：糖：醋：水=1：2：3：4的糖醋酒液加上幾滴敵敵畏液，置于燈光下誘殺成蟲。用砷酸鈣于餅糠（1：10）制成的毒餌，于傍晚撒于栽培產生附近，可誘殺蛞蝓、蝸牛。