褐腐病主要危害草菇、蘑菇等的子實體。子實體受到輕度感染時，菌柄腫大成泡狀畸形。子實體未分化時被感染，產生一種不規則組織塊，上面覆蓋一層白色菌絲，并逐漸變成暗褐色，常從患病組織中滲出暗黑色汁滴。菌蓋和菌柄分化后感染，菌柄變成褐色，感染菌褶則產生白色的菌絲。

防治方法：初發病時, 立即停止噴水, 加大菇房通風量, 將室溫降至15℃以下；病區噴灑50%多菌靈可濕性粉劑500倍液，也可噴1%-2%甲醛溶液滅菌。如果覆土被污染, 可在覆土上噴50%多菌靈可濕性粉劑500倍液，或70%甲基硫菌靈可濕性粉劑500倍液, 殺滅病菌孢子。發病嚴重時,去掉原有覆土, 更換新土, 將病菇燒毀, 所用工具用4%甲醛溶液消毒。