殺菌劑一般分為保護性殺菌劑和治療性殺菌劑，要注意二者的區別使用。

保護性殺菌劑是預防效果好而治療效果差。如鏈霉素、代森錳鋅、大生、阿米西達、達克寧等，噴施后，在作物體表形成一層保護膜，阻礙病原孢子進入植物體，并能抑制植物體內的孢子囊萌發孢子。對剛萌發的孢子也有殺滅作用。正因為保護劑所具有的這些特性，其正確施用方法應是在作物發病前施用，其防護效果顯著。此時若直接用治療劑，不僅防治效果差，還容易發生藥害。

而治療性殺菌劑是預防效果差而治療效果好。如金雷、普力克、乙磷鋁錳鋅、世高、銀法利等，在感病孢子已經侵入作物體內，作物上已經出現了明顯的病癥，部分葉片、莖稈或果實已出現病斑等癥狀時，需要選用治療性殺菌劑，可以殺死已經萌發的孢子和孢子囊，達到理想的治療效果。如果此時再用保護劑防治為時已晚，往往是白白浪費了人力和物力。生產中不少菜農將保護性和治療性殺菌劑混用一氣，結果導致用藥效果不好。以后再用藥，菜農可要分清劑型，正確應用了。