在生產實踐中，農作物往往會受一些因素影響，可能造成與藥害相似或相同的癥狀。在藥害鑒定時，必須仔細加以辨別，以防作出錯誤的結論。

作物病害有些作物病害的表現癥狀與藥害很相似，如番茄病毒病發生時出現的花葉、卷曲等，桃縮葉病發生時出現的葉片增厚、變脆等，葉尖干枯更是許多病害的常見癥狀。

作物蟲害作物受到害蟲為害后，會造成卷葉（如蚜蟲為害），葉片出現失綠點或發紅（如紅蜘蛛為害），甚至造成落葉（如麥類作物受麥稈蠅嚴重為害）。

營養缺乏或施肥過量一般情況下，作物缺氮會引起黃葉，甚至出枯斑。施肥過量會造成葉片燒傷或葉尖干枯。

環境條件在不良的環境條件下使用農藥容易產生藥害，但在不使用農藥的情況下不良環境條件也可以給作物造成類似藥害的傷害，如凍害和高溫都可以造成某些作物嫩芽、葉片、花的傷害；長期干旱可以使作物生長不良，植株變小變矮、萎蔫、葉尖葉緣壞死；干熱風可以使部分小麥品種出現葉尖干枯的情況；有害氣體可以使植物葉片發黃，植株萎蔫甚至整株死亡；用含有有害物質的水來灌溉，可使作物生長停滯，甚至死亡；土壤透氣情況嚴重不良，也會影響作物的正常生長等等。