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防除棉田雜草，選用克蕪蹤（百草枯）雖然見效快、殺草范圍廣，但藥后不久殘留的草根又會萌芽生長；選用蓋草能、精禾草克、精穩殺得等只能防除單子葉雜草；選用雙子星、闊鋤等防除雙子葉雜草的藥劑對棉花安全存在較大威脅。草甘膦是一種殺草譜廣、滅生性強的除草劑，使用得當對多年生惡性雜草有根除效果，藥液入土后很快被土壤鈍化，在土壤中無殘留，對棉花比較安全，而且成本較低，用作定向噴霧防除棉田雜草效果較好。
草甘膦內吸性很強，幾乎對所有綠色植物都有效果（對褐色棉稈殺傷小）。但在雜草剛出土、還未長出足夠接受藥劑的葉片時用藥，或者在雜草草齡過大時用藥防效較差。在雜草生長成株且茂盛時用藥，效果最佳。一般在6月中下旬后用藥，施藥過早，棉苗小，抗藥性差，易發生藥害。
防除一年生雜草，每畝用10%草甘膦水劑500毫升；防除多年生雜草，每畝用草甘膦1000-1500毫升。重點對雜草基部莖葉噴藥。對多年生雜草，用藥后1周再挑治1次。馬齒莧、凹頭莧等對草甘膦抗性較強，用藥后1周再用藥1次。
草甘膦不能防除沒有出土的雜草，使用該藥劑定向化除時可以每畝加50%乙草胺乳油100毫升，防止雜草萌生。但不可以與克蕪蹤等速殺型除草劑混合使用，以免雜草地上部分過早死亡，喪失對草甘膦的內吸傳導能力，降低其對雜草地下根莖的殺滅效果。另外，在草甘膦藥液中加入0.1%的洗衣粉，或者每畝藥量加30克柴油，能增強藥劑的展布性，提高防效。
棉田定向化除應選擇無風的晴好天氣，并加防護罩，確保施藥后1-2天無雨（如施藥后遇雨，棉株生長點會發生輕微藥害）。對少量誤施草甘膦的棉葉，應立即摘除；施藥后雜草還沒有完全死亡之前，不要鋤草、拔草。
