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柑桔腳腐病又稱裙腐病，是一種真菌性病害，主要危害植株根頸和根系，即常發生于主干和地面交界處。受害植株主干基部皮層腐爛，枝葉枯黃，樹勢衰退，產量與果實品質下降，嚴重時導致整株死亡。該病發病時病部皮層褐色濕腐，散發酒糟味，常流膠質，并引起主干和根群腐爛；如氣候干燥，病部干枯開裂，擴展緩慢。如輕度發病，葉片發黃并逐漸脫落，重度發病，則落葉后樹體干枯。其防治方法：
1.選用抗病砧木。盡量采用枳殼等抗病砧木，適當提高嫁接部位，一般在離地面10厘米以上。避免使用檸檬、甜橙和紅桔等砧木，減少發病機會。
2.加強栽培管理。幼齡樹定植時，嫁接口要露出地面；對低畦地或地下水位較高的植株要注意排水，防止長期積水；除草、施肥時將樹盤的土耙平，防止積水；經常清洗樹干，保持主干清潔；麩水和人糞尿要充分腐熟后才能施用，并注意不淋在樹干周圍。嚴防爆皮蟲和天牛的危害。
3.藥物治療。發現病株，將病株根頸部的土壤扒開，用酒精消毒過的利刀刮去腐爛皮層及已變色的木質部后，再輕刮一層無病組織，用酒精清洗后，涂以1∶1∶100波爾多液或硫酸銅30～50倍液或20%甲霜靈、65%殺毒礬、80%乙磷鋁可濕性粉劑各100～200倍液或25%瑞毒霉可濕性粉劑400倍液或70%乙錳合劑300倍液。涂藥后換掉原來的老土，改埋疏松沙壤土，促發新根。
4.接腳換根。對腐爛皮層面積大，傷口難以愈合的柑桔樹，可在樹干旁種上枳殼實生苗，用靠接的辦法，增強樹體對養分的吸收。這樣腳腐病樹會出現“返老還童”現象，重新獲得高產穩產。
