種肥施用的關鍵是除了掌握適當數量，還要注意施肥位置，少量的肥料應施在種子斜下方3~5厘米處，切忌將化肥緊靠種子，否則即使數量合適，也可能出現燒苗問題。在機械播種的條件下，要將種子和肥料分別從兩個儲備箱和兩條下種管播下，使肥和種不處在同一平面上，以保證安全出苗。

并不是所有的氮肥品種都適合作種肥，既要嚴格控制種肥施氮量，又要選擇氮肥品種。單質氮肥、硫銨適合作種肥，而碳銨、氯化銨、硝銨和尿素均不適宜。近年來，在各地因種肥施用不當而引起燒苗爛種的教訓值得汲取。例如，用高塔高氮復合肥作種肥，凡用量較大(超過10公斤／畝)和肥料入土不深的，都出現了不同程度的抑制苗期生長的問題。復合肥以磷酸二銨作種肥為好，出苗安全，苗期生長健壯。