有毒害作用的肥料 有毒害作用的肥料（如尿素）常生成少量的縮二脲，其含量若超過2%，對苗木種子和幼苗就會產生毒害。另外，含氮量高的尿素分子透入種子的蛋白質分子中，會使蛋白質變性，毒害苗木種子和幼根。

含有害離子的肥料 含有害離子的肥料（如氯化鉀）施入土壤后會產生水溶性氯化物，對苗木種子發芽和幼苗生長不利，甚至燒種燒苗。硝酸銨、硝酸鉀等肥料所含的硝酸根離子，對苗木種子發芽也有很強的毒害作用。

未充分腐熟的農家肥 未充分腐熟的廄肥、人糞尿水等，施后在發酵過程中不僅會釋放大量熱能燒壞種芽和根系，且能釋放氨氣灼傷幼苗。因此各種農家有機肥必須經過堆漚高溫發酵、充分腐熟后才能做種肥。

有腐蝕作用的肥料 有腐蝕作用的肥料如碳酸氫銨等具有揮發性和腐蝕性，易熏傷苗木種子和幼苗，不宜在苗木上施用，尤其忌做種肥。