為了獲得更高的產量，人類在農田里連續和大量使用了化肥和農藥。農田土壤中的有機質匱乏，微生物種類和數量大大減少了，其中也包括一些能夠抑制土傳病害的有益微生物，如放線菌、木霉菌、芽胞桿菌等。另一方面，許多危害植物的病菌在病殘體中更容易越冬。如果土壤中缺少腐生細菌，植株秸稈不能很快腐爛，病菌也就有了更多的存活機會。也正因為以上原因，近來枯萎病、紋枯病、根腐病、立枯病等日益猖獗。

針對土傳病害日益嚴重的問題可以采取兩種策略。一是繼續加強化學或物理的殺滅措施，盡可能給作物創造一種無菌的條件。這是比較難的，因為土壤的結構和理化特性比較復雜，有許多因素影響滅菌效果；即便暫時能夠做到，但一旦有新的病菌進入，由于缺乏自然抑制能力，就會迅速成災。另一種策略是增加農田土壤微生物種類和數量，創造一個合理、平衡、穩定的微生物區系并依靠他們之間的競爭、占位、重寄生等關系，抑制病菌的滋長。實踐證明這是持續防治病害的合理策略。

實現生態平衡，抑制土傳病害，一方面需要不斷增加土壤有機質，包括農家肥（廄肥、堆肥）、工廠化生產的有機肥、秸稈還田和種植草苜蓿等綠肥作物。有機質不僅蘊涵豐富的營養物質，使土壤形成團粒結構，還是培養各種微生物的基質。另一方面要增加有益微生物的種類和數量，也就是施用一定數量的菌肥。菌肥也稱生物肥料、細菌肥料。確切地說，它們是菌而不是肥，主要成分不是營養元素，而是大量的微生物。它的功效在于通過微生物的活動，改善作物的營養條件并分解土壤中的有機質，使他們變成能夠被植物吸收的營養，這就如同人吃的飯菜必須經過消化才能被吸收一樣。秸稈還田后如果沒有微生物的幫助，不僅不能被植物利用，還可能助長病菌的滋生；另一方面，再好、再多的菌肥撒在貧瘠的土壤中也不可能憑空轉換出營養元素，有益微生物也會餓死。只有當有機物與有益微生物同時存在時，才能起到增肥防病的效果。

一種按適當比例在大量有機物質中植入有益微生物的新型多效有機肥，其微生物包括能夠增加或轉化營養的固氮菌、硝酸菌、溶磷菌、光合菌；能夠分解有機質的酵母菌；能夠分泌植物生長刺激素和抑制病菌的哈刺木霉、綠粘帚霉、放線菌以及一些芽胞桿菌和假單胞菌。該肥種具有長效、速效、增產防病的優點，值得推廣。它的優劣主要看植入的有益微生物種類和數量。

在這里也提醒大家注意，菌肥和多效有機肥不宜長時間存放，要避免高溫、水浸，一般也不能和殺菌劑混用。