在有機肥料中，有些肥料如人畜糞便常常帶有各種病原菌、病毒、寄生蟲卵及惡臭味等，有些肥源如雜草等常常帶有各種病蟲害傳染體及種子等，因此用于無公害水果生產一般都要經過處理，使其無害化。

常用的有機肥料無害化處理有物理方法、化學方法和生物方法3種。但物理方法如曝曬、高溫處理等，養分損失大，成本高；化學方法往往會帶來新的有毒物質，在無公害生產中不能采用；目前有機肥無害化生產一般采用生物的方法，如EM堆腐法、發酵催熟堆腐法、工廠化無害化處理等。
 

一、EM堆腐法

EM是一種好氧和嫌氧有效微生物群，主要是由光合細菌、放線菌、酵母菌、乳酸菌等組成，具有除臭、殺蟲、殺菌、凈化環境、促進植物生長等功能，在農業和環保上有廣泛的用途。用它處理人畜糞便作堆肥，可以達到無害化效果。處理方法如下：

按清水100mL、蜜糖或紅糖20－40g、米酪100mL、燒酒（含酒精30-50％）100mL、EM原液50mL的比例制成備用液。將人畜糞便風干至含水量30-40%。取稻草、玉米稈、青草等，切成長1.5cm的碎片，加少量米糠攪拌均勻，作堆肥時的膨松物。

將稻草等膨松物與糞便按重量10:100混合攪拌均勻，并在水泥地上鋪成長約6m、寬約1.5m、厚20-30cm的肥堆。在肥堆上薄薄地撒上一層米糠或麥麩等物，然后再灑上EM備用液，每1000kg肥料灑1000-1500mL。

按同樣的方法，上面再鋪第2層，每一堆肥料鋪3-5層后上面蓋好塑料薄膜發酵。當肥料堆內溫度升到45-50℃時翻動一次，一般要翻動3－4次。

一般肥料中長有許多白色的霉毛，并有一種特別的香味時就可以施用。夏天處理時間7-15天，春天15-25天，冬天則更長。肥料中水分不能過多，否則會使堆肥失敗，產生惡臭味。

二、發酵堆腐法

在沒有EM原液時，可自制發酵粉代替，采用發酵堆腐法處理。方法如下：

1、發酵粉的制備。按米糠14.5％、油餅14.0％、豆粕13.0％、糖類8.0％、水50.0％、酵母粉0.5％的比例備料。先將糖類添加于水中，攪拌溶解后，加入米糠、油餅和豆粕，充分攪拌后堆放，在60℃以上的溫度下發酵30-50天。然后用黑炭粉或沸石粉按重量1:1的比例進行摻和稀釋，仔細攪拌均勻即成。

2、堆肥制作。將糞便風干至含水量30％-40%后，與切碎的稻草等膨松物按重量100:10混合，每100kg混合肥中加入1kg發酵粉，充分拌和均勻，然后在堆肥舍中堆積成高 1.5-2.0m的堆肥，進行發酵腐熟。在此期間，根據堆溫的變化，判定堆肥的發酵腐熟程度。當氣溫15℃時，堆積后第3天堆肥表面以下30cm處的溫度可達70℃。堆積10天后可進行第1次翻堆，翻堆時，堆肥表面以下30cm處的溫度為60℃。再隔10天后，第3次翻堆時，堆肥表面以下30cm處的溫度為40℃。當翻堆后的溫度為30℃，水分含量達30％左右時不再翻堆，等待后熟。后熟一般3-5天，最多10天堆肥即制成。

三、工廠化無害化處理

如果有大型畜牧和家禽場，因糞便較多，可采用工廠化無害化處理。方法是先把糞便集中進行脫水，當水分含量達到20％-30％時，把脫水的糞便移入專門的蒸汽消毒房內，在80-100℃溫度下，經20-30min消毒，殺死全部的蟲卵、雜草種子及有害的病菌等。消毒房內裝有除臭塔，臭氣通過塔內排出。將脫臭和消毒的糞便配上必要的天然礦物，如磷礦粉、白云石、云母粉等進行造粒，再烘干，即成有機肥料。

其工藝流程如下：糞便集中→脫水→消毒→除臭→配方攪拌→造粒→烘干→過篩→包裝→入庫。通過有機肥的無害化處理，可以達到降解有機物污染和生物污染的目的。