細菌是污染食品和引起食品腐敗變質的主要微生物類群，因此多數食品衛生的微生物學標準都是針對細菌制定的。
2.1 食品中常見的細菌
食品中細菌來自內源和外源的污染，而食品中存活的細菌只是自然界細菌中的一部分。這部分在食品中常見的細菌，在食品衛生學上被稱為食品細菌。食品細菌包括致病菌、相對致病菌和非致病菌，有些致病菌還是引起食物中毒的原因。它們既是評價食品衛生質量的重要指標，也是食品腐敗變質的原因。在《伯杰氏系統細菌學手冊》(Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology)（1984~1989）中，污染食品后可引起腐敗變質、造成食物中毒和引起疾病的常見細菌分為以下科屬。
2.1.1 革蘭氏陰性需氧或微需氧、能運動的螺旋形或彎曲細菌
這一類細菌中與食品有關的主要是彎曲桿菌屬（Campylobacter），該屬菌為革蘭氏陰性、微需氧的螺旋狀細菌。菌體大小為0.5~5×0.2~0.8μm。在菌體的一端或兩端生有一根鞭毛，能運動。
在陳舊培養基中有時變成球狀。該屬菌生長時需要8％~15％的氧，在含有0.5％~1.5％NaCl的培養基中才能生長，在不含NaCl的蛋白胨水和瓊脂上不生長。不能利用葡萄糖等碳水化合物，不產生吲哚。氧化酶陽性。能使硝酸鹽還原成亞硝酸鹽。
彎曲桿菌廣泛分布于世界各地。人食入含有該菌的食物后，可發生食物中毒，引起細菌性腸炎，癥狀為下痢、腹痛、發熱、惡心、嘔吐等。
2.1.2 革蘭氏陰性需氧桿菌和球菌
2.1.2.1 假單胞菌科（Pseudomonadaceae）
該科中在食品中最常見的是假單胞菌屬（Pseudomonas）。該屬菌為革蘭氏陰性、無芽孢、需氧、直或稍彎曲桿狀。菌體大小為0.5~1×1.5~4μm，大部分極生鞭毛，能運動。氧化酶陽性，糖代謝方式為呼吸型。營養要求簡單，大部分菌種在不含維生素、氨基酸的合成培養基中仍能良好生長。假單胞菌屬的細菌多具有分解蛋白質和脂肪的能力，其中有些分解能力很強。部分菌株可產生水溶性熒光色素。
此外，假單胞菌還具有一些特點：增殖速度快；一些種能在5℃的低溫下生長；具有很強的產生氨等腐敗產物的能力。因而，假單胞菌污染肉及肉制品、鮮魚貝類、禽蛋類、牛乳和蔬菜等食品后可引起腐敗變質，并且是冷藏食品腐敗的重要原因菌。例如，熒光假單胞菌（P.fluorescens）在低溫下可使肉、乳及乳制品腐敗；生黑色腐敗假單胞菌（P.nigrifaciens）能使動物性食品腐敗，并在其上產生黑色素；菠蘿軟腐病假單胞菌（P.ananas）可使菠蘿果實腐爛，被侵害的組織變黑并枯萎。與食品腐敗有關的菌種還有，草莓假單胞菌（P.fragi）、類藍假單胞菌 （P.syncyanea）、類黃假單胞菌（P.synxantha）、腐臭假單胞菌（P.taetrolens）、腐敗假單胞菌（P.putrefaciens）、生孔假單胞菌（P.lacunogenes）、粘假單胞菌（P.myxogenes）等。假單胞菌屬中的有些種對人或動物有致病性。該屬菌多分布于土壤和水中及各種植物體上。
2.1.2.2鹽桿菌科（Halobacteriaceae）
鹽桿菌科包括鹽桿菌屬（Halobacterium）和鹽球菌屬（Halococcus）2個屬。鹽桿菌屬和鹽球菌屬對高滲均具有很強的耐受能力，可在高鹽環境中（3.5%至飽和鹽溶液中）生長。低鹽可使細菌由桿狀變為球狀。鹽桿菌和鹽球菌可在咸肉和鹽漬食品上生長，引起食物變質。
2.1.2.3 醋酸桿菌科（Acetobacteraceae）
1）醋酸桿菌屬（Acetobacter） 該屬菌的細胞為橢圓形至桿狀，直或稍彎曲，以單個、成對或成鏈存在。有些菌株經常出現退化的類型。以周生鞭毛或側生鞭毛運動，或不運動，無芽孢。菌落灰白色，大多數菌株不產生色素，少數菌株產生褐色水溶性色素，或由于細胞內含卟啉而使菌落呈粉紅色。專性好氧。幼齡為革蘭氏陰性桿菌，老齡常變為陽性。最適宜生長溫度為25～30℃。該屬菌能將乙醇氧化成醋酸，并可將醋酸和乳酸氧化成CO2和水。其生長所需的最好碳源是乙醇、甘油和乳酸。有些菌株能夠合成纖維素，當這些菌株生長在靜止的液體培養基中時，會在表面形成一層纖維素薄膜。醋酸桿菌屬細菌主要分布在花、果實、葡萄酒、啤酒、蘋果汁、醋和果園土等環境中，并可引起菠蘿的粉紅病和蘋果、梨的腐爛。該屬菌在食品工業上可用于食醋釀造。
2）葡糖桿菌屬（Gluconobacter） 該屬細菌為橢圓狀或桿狀，單生、成對或排列成鏈狀，有或無鞭毛。菌落灰白色，專性好氧，最適生長溫度為25~30℃，在37℃不生長。最適pH5.5~6.0，大多數菌株能在pH3.6生長。老齡菌常由革蘭氏陰性變為陽性。能氧化乙醇成醋酸，但不能將醋酸或乳酸氧化成CO2和H2O。該屬菌廣泛分布于花、果實、蜂蜜、蘋果汁、葡萄酒、醋和軟飲料等環境中，可導致含酒精飲料變酸。
2.1.2.4 所屬科未定的屬
該類群中與食品關系較密切的是產堿桿菌屬（Alcaligenes）。該菌為桿狀、球桿狀或球狀，通常單個存在，周生鞭毛，可運動。適宜生長溫度為20~37℃。專性好氧，有些菌株能在硝酸鹽或亞硝酸鹽存在時進行厭氧呼吸。能利用各種有機酸和氨基酸作為碳源，并能從幾種有機鹽和酰胺產堿。
產堿桿菌廣泛分布于土壤、水、腐朽物質、人及動物腸道內等自然界中，與高蛋白食品變質有關，但不分解酪蛋白。
2.1.3 革蘭氏陰性兼性厭氧桿菌
2.1.3.1 腸桿菌科（Enterobacteriaceae）
腸桿菌科細菌為革蘭氏陰性桿菌，大小為0.4~0.7×1.0~4.0μm。大部分周生鞭毛、能運動，少數無鞭毛、不運動。最適生長溫度為37℃（除歐文氏菌屬和耶爾森氏菌屬外）。氧化酶陽性。能發酵糖類，大部分能發酵糖產酸產氣。對熱抵抗力弱，可被巴氏消毒殺死。
腸桿菌科的細菌大多存在于人和動物的腸道內，是腸道菌群的一部分。其中一些菌種是人和動物的致病菌，一些是植物的病原菌，還有一些是引起食品腐敗變質的腐敗菌。該科中的主要屬如下：
1） 埃希氏菌屬（Escherichia） 細胞呈直桿狀，單個或成對存在。許多菌株產莢膜或微莢膜，周生鞭毛運動或不運動。有些菌株表面生有大量菌毛。化能有機營養，兼性厭氧。埃希氏菌屬中的代表菌種是大腸埃希氏菌（E.coli），簡稱大腸桿菌。大腸桿菌多具有鞭毛，能發酵乳糖產酸產氣，產生吲哚。通常單生。菌落光滑、低凸、潮濕和灰白、表面有光澤、邊緣整齊，或粗糙、干燥，也可形成粘液狀菌落。大腸桿菌是人和動物腸道正常菌群之一，絕大多數大腸桿菌在腸道內無致病性，極少部分可產生腸毒素等致病因子，引起食物中毒。此外，該菌大多具有組氨酸脫羧酶活性，污染食品后，可在食品中產生組胺，引起過敏性食物中毒。大腸桿菌是食品中常見的腐敗菌，也是食品和飲用水的糞便污染指示菌之一。
大腸桿菌污染食品引起腐敗變質后，可產生不潔凈或糞便氣味。
2） 志賀氏菌屬（Shigella） 該屬菌為直桿菌，革蘭氏陰性、兼性厭氧、不運動、無芽孢，菌落中等大小、半透明、光滑。不能利用檸檬酸或丙二酸作為唯一碳源，大多數菌株不分解乳糖。根據生化和血清學反應，可將其分為痢疾志賀氏菌（S.dysenteriae ，A亞群）、弗氏志賀氏菌（S.flexneri ，B亞群）、鮑氏志賀氏菌（S.boydii ，C亞群）和宋內氏志賀氏菌（S.sonnei ，D亞群）4個亞群。該菌污染食品經口進入人體后，可侵入大腸的上皮細胞，引起以下痢、發熱、腹痛為主的細菌性紅痢。
3）沙門氏菌屬（Salmonalla） 該屬為革蘭氏陰性無芽孢直桿菌，大小為0.5~0.8×3~4μm。菌體周生鞭毛，能運動。兼性厭氧，最適生長溫度為35~37℃。該屬菌能發酵葡萄糖產酸產氣，不分解乳糖，產生H2S。根據其生化性狀差別，可分為Ⅰ~Ⅴ個亞屬。根據細胞表面抗原和鞭毛抗原的不同，分為2000多個血清型。不同血清型的致病力及侵染對象不盡相同，有些對人致病，有些對動物致病，也有些對人和動物都致病。
沙門氏菌廣泛分布于自然界，已從人和家畜等哺乳動物、禽類、蛇、龜、蛙等兩棲動物中分離出該菌。從自然環境中的蚯蚓、魚等中也分離出該菌。該菌常污染魚、肉、禽、蛋、乳等食品，在食品中增殖，人食入后可在消化道內增殖，引起急性胃腸炎和敗血癥等。該菌是重要的食物中毒性細菌之一。
4）腸桿菌屬（Enterobacter） 該屬菌為直桿狀，周生鞭毛，能運動，兼性厭氧。可發酵葡萄糖產酸產氣。在人腸道內比大腸桿菌少，廣泛分布于土壤、水和食品中，是條件致病菌，可從尿液、痰、呼吸道等分離到。該屬菌污染食品后可引起食品的腐敗變質。此外，有部分低溫性菌株可引起冷藏食品的腐敗。
5）檸檬酸細菌屬（Citrobacter） 該屬菌能運動，可利用檸檬酸鹽作為碳源。廣泛分布與自然界，可引起食品腐敗變質。該屬中有部分低溫性菌株可在4℃增殖，引起冷藏食品的腐敗變質。
6）歐文氏菌屬（Erwinia） 該屬菌為直桿狀，單個、成對、有時呈短鏈存在。周生鞭毛，能運動，兼性厭氧。既有寄居在人和動物腸道內的細菌，也有植物的病原菌和腐生菌。例如，解淀粉歐文氏菌（E.amylovora）可使植物發生癌瘤和枯萎；胡蘿卜軟腐歐文氏菌（E.carotovora）具有果膠酶，可引起植物軟腐病。具有果膠酶的歐文氏菌可與假單胞菌、芽孢桿菌等其他腐敗細菌一起附著在果蔬上，在運輸過程中或在市場上引起腐敗，是所謂市場病的原因菌之一。
7）克雷伯氏菌屬（Klebsiella） 該屬菌為直桿狀，單個、成對或短鏈排列，革蘭氏陰性、有莢膜、不運動。廣泛分布于水、土壤、人和動物的消化道及呼吸道、糧食和冷藏食品上。可引起食品變質、人的上呼吸道感染、肺炎、敗血癥等。
8）沙雷氏菌屬（Sarratia） 該屬菌呈直桿狀，兩端鈍圓，通常以周生鞭毛運動。菌落大多數不透明，略有光澤、白色、粉色或紅色，許多菌株可產生紅色色素。兼性厭氧。該屬菌廣泛分布于水、土壤和植物表面，是腐敗作用較強的腐敗細菌，也是人類的條件致病菌。對食品中的蛋白質具有較強的分解能力，并產生大量揮發性氨態氮等腐敗性產物，使食品產生很強的腐敗性氣味。
9）變形菌屬（Proteus） 該屬菌呈直桿狀，并隨培養條件不同，可形成絲狀、球桿狀。以周生鞭毛運動，能急速運動，在濕潤的培養基表面上，大多數菌株有周期性的群游而產生的同心圓帶，或擴展成均勻的菌膜。該屬菌為兼性厭氧，廣泛分布于動物腸道、土壤和水中，具有很強的蛋白質分解能力，是重要的食品腐敗菌之一。該菌污染食品后可在食品中迅速增殖，初期使食品的pH值稍下降，以后產生鹽基氮，使食品轉為堿性并使其軟化。
10）哈夫尼菌屬（Hafnia） 該屬菌廣泛分布于污水、土壤、人和動物糞便中，是蜜蜂等昆蟲的病原菌。該屬中有底溫性菌株，可在4℃左右增殖，使食品特別是包裝食品在底溫貯藏時腐敗變質。
11）耶爾森氏菌屬（Yersinia） 該屬中與食品關系最密切的是小腸結腸炎耶爾森氏菌（Y.enterocolitica）。該菌為短桿菌，無莢膜和芽孢，大多周生鞭毛，兼性厭氧。該菌在25~30℃培養時具有運動性，在37℃培養時則失去運動性。該菌廣泛分布于自然界，污染食品后可引起以腸胃炎為主的食物中毒。
2.1.3.2 弧菌科（Vibrionaceae）
弧菌科包括4個屬，菌體為球桿、直的或彎曲狀，革蘭氏陰性，以極生鞭毛運動，兼性厭氧。大多數種的最佳生長需要2%~3%NaCl或海水為基礎。主要為水生，廣泛分布于土壤、淡水、海水和魚貝類中。有幾個種是人類、魚、鰻和蛙，以及其他脊椎或無脊椎動物的病原菌。該科中與食品密切有關的屬如下。
1）弧菌屬（Vibrio） 該屬為革蘭氏陰性彎曲或直桿菌，單端生鞭毛，兼性厭氧，氧化酶陽性，發酵糖類產酸不產氣，不產生水溶性色素。廣泛分布于淡水、海水和魚貝中。在海洋沿岸、淺海海水中、海魚體表和腸道、浮游生物等中，均有較高的檢出率。海產動物死亡后，在低溫或中溫保藏時，該菌可在其中增殖，引起腐敗。該菌污染食品后，可引起食用者感染型食物中毒，發生腹痛、下痢、嘔吐等典型的急性腸胃炎。該屬中重要的菌種有副溶血性弧菌（V.parahaemolyticus）、霍亂弧菌（V.cholerae）等，它們都是人和動物的病原菌。
2）氣單孢菌屬（Aeromonas） 該屬菌為桿狀至近球狀，兩端鈍圓。以單個、成對或短鏈狀存在。通常以單端生鞭毛運動，在固體培養基上的幼齡菌可以形成周生鞭毛。兼性厭氧，氧化酶陽性，發酵糖類產氣或不產氣。一些菌株可產生褐色水溶性色素。該屬菌主要分布在海水和淡水中，可引起魚類、蛙類和禽類疾病，還可引起海產食品的腐敗變質及食用者的腸胃炎。
2.1.4 革蘭氏陽性球菌
2.1.4.1 微球菌科（Micrococcaceae）
細胞直徑0.5~2.5μm，在一個以上的平面分裂，形成規則或不規則的細胞簇。不運動或很少運動，好氧或兼性厭氧。所有菌株都能在5%NaCl環境中生長，許多菌株能在10%~15%的NaCl環境中生長。某些種是動物和人的條件致病菌。
1）微球菌屬（Micrococcus） 該屬菌為好氧、不運動、氧化酶和過氧化氫酶陽性的球菌。單生、雙生或四聯球狀排列，有的四聯球狀可以連接成立方堆團或不規則的簇群。菌落通常為圓形、凸起、光滑，某些菌株可以形成粗糙菌落。可產生黃、橙或紅色色素。細胞壁中不含磷壁酸，DNA的G＋C克分子％含量為65％~75％。對干燥和高滲有較強抵抗力，可在5％NaCl環境中生長，最適生長溫度為25~37℃。該屬菌廣泛存在于人和動物的皮膚上，也廣泛分布于土壤、水、植物和食品上，是重要的食品腐敗性細菌。在新鮮食品、加工食品和腐敗的食品中，該菌的檢出率都很高。可引起肉類、魚類、水產制品、大豆制品等食品的腐敗。
2）葡萄球菌屬（Staphylococcus） 該屬菌為兼性厭氧、過氧化氫酶陽性的球菌，以多個平面分裂，單個、成對以及不規則的葡萄串狀排列。不運動。菌落圓形、低凸起、光滑、閃光奶油狀，不透明，可產生金黃色、檸檬色、白色等非水溶性色素。細胞壁中含有磷壁酸，DNA的G＋C克分子%含量為30%~39%。該屬具有很強的耐高滲透壓能力，可在7.5%~15%NaCl環境中生長。本屬中與食品關系最為密切的是金黃色葡萄球菌（S.aureus）。該菌除具有上述特征外，還能發酵葡萄糖、分解甘露醇，卵磷脂酶陽性，可產生腸毒素等多種毒素及血漿凝固酶等。該菌存在于人和動物的化膿處、健康人的鼻腔、手指、皮膚和毛發上，并廣泛分布于動物體表、垃圾及人類的生活環境中。污染食品后可在其中繁殖，產生毒素，人食入該食品后可引起食物中毒。該菌感染人或動物后，可引起各種化膿性疾病、肺炎、敗血癥、心內膜炎等。
2.1.4.2 所屬科未定的屬
這一類群中與食品有密切關系的屬有鏈球菌屬（Streptococcus）、明串珠菌屬（Leuconostoc）、片球菌屬（Pediococcus）和氣球菌屬（Aerococcus）等。它們均為革蘭氏陽性、兼性厭氧、過氧化氫酶陰性球菌。
1） 鏈球菌屬（Streptococcus） 細胞通常為球形或卵球形，直徑小于2μm。無芽孢，不運動，革蘭氏陽性。在液體培養基中成對或鏈狀排列，有的種有莢膜。兼性厭氧，過氧化氫酶陰性，發酵糖類產生乳酸，不產氣。DNA的G＋C克分子%含量為43%~46%。鏈球菌屬又分為釀膿鏈球菌群、口腔鏈球菌群、厭氧鏈球菌群、乳酸鏈球菌群和腸球菌群等6個群。該屬中許多種為共棲菌或寄生菌見于人和動物的口腔、上呼吸道、腸道等處，其中有些是致病菌。少數為腐生菌，存在于自然界，污染食品后可引起腐敗變質。
乳酸鏈球菌群中的有些種，如乳鏈球菌（S.lactis）、乳脂鏈球菌（S.cremoris）、嗜熱鏈球菌（S.thermophilus）可用于生產乳酸發酵食品。
① 乳鏈球菌（S.lactis） 細胞卵圓形，并在鏈長軸方向伸長，直徑0.5~1.0μm，多數成對或短鏈。從葡萄糖、麥芽糖及乳糖產酸。在含4.0%NaCl的培養基中生長。營養要求復雜，在合成培養基上生長，需要多種B族維生素和氨基酸。最適生長溫度約30℃，在45℃時不生長。常見于牛奶及乳制品中。
② 乳脂鏈球菌（S.cremoris） 細胞圓形或卵圓形，其卵圓形的長軸方向與鏈的方向相同。直徑0.6~1.0μm。形成長鏈，在牛乳中更是如此，但在有些培養物中成對的細胞占優勢。發酵葡萄糖和乳糖產酸，營養要求與乳鏈球菌幾乎相同。最適生長溫度約30℃，在40℃時不生長。分布于生奶和乳制品中。
③ 嗜熱鏈球菌（S.thermophilus） 細胞圓形或卵圓形，直徑0.7~0.9μm，成對或長鏈狀。從葡萄糖、果糖、乳糖和蔗糖產酸。在合成培養基上連續培養傳代需要六種B族維生素。最適生長溫度為40~45℃，在50℃能生長，但在53不能生長，低于20℃不生長。分布于牛乳及乳制品中。
2）明串珠菌屬（Leuconostoc） 該屬菌細胞呈球形或卵圓形，在成對或鏈狀時長大于寬。在長鏈時呈具圓端的短桿狀。革蘭氏陽性，不運動，不產芽孢，兼性厭氧。生長緩慢，可形成小菌落，直徑常小于1.0mm，光滑、圓形、略顯灰白色。最適生長溫度約20~30℃。發酵葡萄糖產生D型乳酸、乙醇和CO2。該屬中的腸膜明串珠菌腸膜明串珠亞種（L.mesenteroides subsp.mesenteroides）和腸膜明串珠菌葡聚糖亞種（L.mesenteroides subsp .dextoranicum），可發酵蔗糖產生特征性的葡聚糖粘質物，存在于粘質物中的菌可耐受80~85℃高溫。廣泛分布于果蔬、乳及乳制品中，能在高濃度的含糖食品中生長。對植物、動物和人無致病性。可使牛乳變粘；造成制糖工業中糖液粘度增加，影響過濾而降低糖的產量。
3）片球菌屬（Pediococcus） 細胞球形，直徑1.2~2.0μm。成對或沿著二個垂直平面形成四聯狀排列，罕見單個細胞，不形鏈狀。革蘭氏陽性，不運動，不形成芽孢，兼性厭氧，有的菌株在有氧時會抑制生長。同型發酵產生乳酸，從葡萄糖、果糖和甘露糖產酸不產氣。最適生長溫度25~40℃。主要存在于發酵的植物材料和腌漬蔬菜中，與啤酒等酒精飲料的變質有關。
① 啤酒片球菌（P.cerevisiae） 細胞球狀，直徑0.6~1.0μm。從麥芽糖產酸不產氣。可產生丁二酮，腐敗啤酒中特殊的氣味與該成分有關。最適生長溫度25℃，在35℃不生長。致死溫度60℃10min。高度耐啤酒花防腐劑。在pH3.5~6.2時可生長，最適pH約為5.5。分布于腐敗的啤酒和啤酒酵母中。
② 乳酸片球菌（P.acidilactici） 細胞球狀，直徑0.6~1.0μm。在不加啤酒花的麥芽汁中生長，但在啤酒花麥芽汁或啤酒中不生長。最適生長溫度40℃，最高生長溫度52℃。見于酸泡菜和發酵的麥芽汁中。
③ 戊糖片球菌（P.pentosaceus） 細胞球狀，直徑0.8~1.0μm。最適生長溫度35℃，最高生長溫度42~45℃。對啤酒花防腐劑敏感。分布于麥芽汁及發酵植物材料中，如酸腌菜、泡菜、青貯料等中。
④ 嗜鹽片球菌（P.halophilus） 細胞球狀，直徑0.6~0.8μm。在含6%~8%NaCl的液體培養基中生長最好，耐鹽力可高于15%。最適生長溫度25~30℃，最高生長溫度40℃。在豆醬和黃醬等產品的制作中本種很活躍。
2.1.5 革蘭氏陽性芽孢桿菌和球菌
該類群中與食品關系密切的菌屬如下。
2.1.5.1 芽孢桿菌屬（Bacillus）
該屬為革蘭氏陽性桿菌，可形成芽孢，對不良環境條件有很強的抵抗力。周生鞭毛，需氧或兼性厭氧，絕大多數菌種產生過氧化氫酶。該菌廣泛分布于土壤、植物、腐殖質及食品上。其中包括人和動物的病原性細菌炭疽芽孢桿菌（B.anthracis）、食物中毒性細菌蠟樣芽孢桿菌（B.cereus）、昆蟲的病原菌蘇云金芽孢桿菌（B.thuringiensis）。此外，也包括可用于食品工業生產的枯草芽孢桿菌（B.subtilis）。
1）蠟樣芽孢桿菌（B.cereus） 該菌廣泛分布于土壤、水、調味料、乳及咸肉中，污染牛乳后可產生卵磷脂酶，破壞脂肪球膜，使得脂肪不能很好地乳化，還可以產生類似凝乳酶的酶，使乳在酸度不高時即可發生凝固。蠟樣芽孢桿菌的生長溫度為10～48℃，pH為4.9～9.3，發芽溫度范圍為1～59℃。該菌污染食品后，可以引起食品腐敗變質，并且產生下痢性毒素、腸毒素、溶血素、嘔吐毒素及腸管壞死毒素等，引起人食物中毒。
2）枯草芽孢桿菌（B.subtilis） 該菌菌落呈圓形或不規則形狀，表面粗糙或有皺紋，呈奶油色或褐色，菌落形態與培養基成分有關。枯草芽孢桿菌污染面粉后，可以使發酵面團產生液化粘絲狀現象，使烤制的面包或饅頭出現斑點或斑紋，并且伴有異味。在肉類表面可產生粘液并有異味。在肉類罐頭及其他肉制品上經常可以分離到該菌，但在密封的罐頭中較少引起變質。在牛乳中生長，可以使牛乳變稠，有時在不變酸時使牛乳凝固，即產生所謂的甜凝乳現象。
3）巨大芽孢桿菌（B.megaterium） 該菌可以在含氨的環境中生長，不需要生長因子，無卵磷脂酶活性。在厭氧條件下，于葡萄糖肉湯中不生長，多數菌株可在培養基中產生黃、粉紅、褐或黑色色素。適宜生長溫度為28~37℃。該菌可以從鮮乳、消毒乳、干酪、肉類等食品中分離到，可使濃縮乳凝固并產生干酪味和氣體，使肉類罐頭變質脹罐。
4）嗜熱脂肪芽孢桿菌（B.stearothermophilus） 該菌菌落為圓形或不規則圓形小菌落，表面光滑或粗糙，能在49~65℃范圍內生長，對熱的抵抗力很強。該菌在pH5.0以下的培養基上不生長。該菌主要可引起罐藏食品和淀粉類食品的腐敗。
5） 凝結芽孢桿菌（B.coagulans） 該菌菌落為不透明的小菌落，生長溫度范圍為18~60℃，可在酸性條件下生長。在有氧條件下于葡萄糖肉湯中生長，產生醋酸、乳酸和CO2。在厭氧條件下主要產生乳酸，不產氣。該菌能在pH3.5~4.5的食品中生長，引起食品變質，罐頭食品變質后外觀不膨脹。在煉乳罐頭中，通常使乳形成堅實凝結，偶爾呈碎片狀凝結，并有乳清析出。此種變質亦常發生于含有蔗糖的乳制品中。
2.1.5.2 梭菌屬 （Clostridium）
該屬的絕大多數種為厭氧菌，只有少數種可在大氣條件下生長，但在大氣中不形成芽孢。該屬菌形成的芽孢多呈球形，位于菌體中央，使菌體呈梭狀。對不良環境條件具有極強的抵抗力。該屬菌對營養的需要因菌種不同而異。可耐受2.5%～6.5%NaCl濃度的滲透壓，對亞硝酸鈉和氯敏感。
梭菌廣泛分布于土壤、下水污泥、海水沉淀物、腐敗植物、食品、人和其他哺乳動物的腸道內。該屬中的一些菌種如丁酸梭菌（C.butyricum）可分解碳水化合物產生各種有機酸（乙酸、丙酸、丁酸）和醇類（乙醇、異丙醇、丁醇），在食品加工上可用以生產某些酸、醇和酮類。一些菌種如腐化梭菌（C.putrefaciens）分解蛋白質和氨基酸，產生H2S、硫醇、甲基吲哚（糞臭素）等具有惡臭味的腐敗產物，在乳中生長時可使乳中酪蛋白完全胨化，在熟肉上生長使肉變黑，在罐頭中生長時，因產氣使罐頭發生膨脹。肉毒梭菌（C.botulinum）在食品中增殖時可產生肉毒毒素，當人們食入含有該毒素的食品時，可發生毒素型食物中毒，早期癥狀為全身無力、頭痛、頭暈，繼而出現眼瞼下垂、視力模糊、瞳孔散大、吞咽困難等癥狀直至死亡。此外某些梭菌如破傷風梭菌（C.tetani）是人和動物的破傷風病病原菌。
2.1.6 革蘭氏陽性規則無芽孢桿菌
該類群中與食品關系最為密切的是乳桿菌屬（Lactobacillus）。
乳桿菌屬（Lactobacillus） 細胞桿狀、規則，大小為0.5~1.2×1.0~10.0μm。通常長桿狀，但有時是球桿狀，通常成短鏈。革蘭氏陽性，革蘭氏染色或美藍染色時，有的菌株顯示出兩極體、細胞內顆粒或橫紋。不生芽孢。細胞罕見以周生鞭毛運動。菌落凸起、全緣，直徑2~5mm。兼性厭氧，有時微好氧，在有氧時生長差，降低氧分壓時生長較好；有的菌在剛分離時為厭氧菌。通常5%CO2可促進生長。發酵分解糖代謝，終產物中50%以上是乳酸。最適宜生長溫度為30～40℃。廣泛分布于乳制品、肉制品、魚制品、谷物及果蔬制品等許多環境，它們是人類和許多動物口腔、消化道和陰道的正常菌群，罕見致病。該屬中的許多種可用于生產乳酸或發酵食品，污染食品后也可應引起食品變質。
2.1.7革蘭氏陽性不規則無芽孢桿菌
這一類群包括的屬很多，其中在食品中常見的屬有以下幾個：
2.1.7.1棒桿菌屬（Croynebacterium）
為直的或彎曲的棒狀桿菌，有時呈橢圓、卵圓形，細胞突然分裂而形成“八”字形和柵欄狀排列。不運動。過氧化氫酶陽性。好氧或兼性厭氧。主要分布在土壤、水和動植物上。通常可以在奶酪、乳、雞肉、雞蛋、肉類及魚類等食品中發現。可引起食品腐敗，但是腐敗作用不強。該屬中有人和動物病原菌、植物病原菌和腐生菌。
2.1.7.2節桿菌屬（Arthrobacterium）
該屬菌呈明顯多形性，為桿狀或球狀，運動或不運動，較大的球狀細胞移植到新鮮培養基上，從球狀細胞上可伸出1～3個芽管，該芽管可形成桿狀細胞，桿狀細胞隨著時間的延長，可變成球狀。革蘭氏染色大部分為陽性，少數呈陰性。過氧化氫酶陽性，適宜生長溫度為25～30℃。嚴格好氧。該屬細菌存在于土壤、肉與肉制品、乳制品、乳品加工廢水以及污泥中等。
2.1.7.3短桿菌屬（Brevibacterium）
幼齡培養物的細胞呈不規則的桿狀，大小為0.6~1.2×1.5~6.0μm。單個或成對排列，常成V形排列，可出現分支，但不形成菌絲體，老培養物變成球狀。革蘭氏陽性，不運動，不產芽孢，可在含有8%NaCl的培養基中生長。具有蛋白分解能力，可在滅菌魚肉中生長，引起腐敗，但腐敗能力不強。廣泛分布于乳制品，某些菌株可參與干酪成熟過程。
2.1.7.4微桿菌屬（Microbaterium）
該屬菌為革蘭氏陽性不規則的小桿菌，大小為0.4~0.9×1.0~3.0μm，單個或成對，有的排列成直角到V字形，不常見分支，不形成菌絲體，老培養物桿狀縮短，可出現球狀。革蘭氏陽性，不形成芽孢，能運動或不運動。好氧，弱厭氧。DNA的G+C克分子%含量為69%~75%。該屬菌可存在于豬肉、牛肉、禽肉、禽蛋及乳制品上，可使肉制品腐敗產生異味。
2.1.7.5 丙酸桿菌屬（Propionibacterium）
該屬菌為不規則的桿菌，有分枝，有時呈球狀。不形成芽孢，不運動。兼性厭氧。能使葡萄糖發酵產生丙酸、乙酸和氣體。最適生長溫度30~37℃。主要存在于乳酪、乳制品和人的皮膚上，參與乳酪成熟，使乳酪產生特殊香味和氣孔。
2.1.7.6 雙歧桿菌屬（Bifidobacterium） 細胞呈各種形態的桿狀，包括彎、棒狀和分支狀。單生、成對、V字排列，有時成鏈，細胞平行成柵欄狀，或玫瑰花結狀。偶爾呈膨大的球桿狀。大小為0.5~1.3×1.5~8.0μm。革蘭氏陽性，通常染色不規則。不運動，不產芽孢。厭氧，少數種可在含10%CO2的空氣中生長。pH低于4.5和高于8.5時不生長。發酵碳水化合物活躍，發酵產物主要是乙酸和乳酸，不產生CO2。最適生長溫度為37~41℃。主要存在于人和各種動物的腸道內。
2.2 食品中細菌數量及其食品衛生學意義
食品中的細菌數量，通常是以每克或每毫升食品中或每平方厘米食品表面積上所含有的細菌個數來表示。在我國的食品衛生標準中，采用的測定食品中細菌數量的方法，是在嚴格規定的培養方法和培養條件（樣品處理、培養基種類及其pH、培養溫度與時間、計數方法等）下進行的，使得適應這些條件的每一個活菌細胞能夠生成一個肉眼可見的菌落，所生成的菌落總數即是該食品中的細菌總數。用此法測得的結果，常用Cfu（菌落形成單位，Colony forming unit）表示。
食品中細菌的種類很多，它們的生理特性和所需要的培養條件不盡相同。如果要采用培養的方法計數食品中所有的細菌種類和數量，必須采用不同的培養基及培養條件，其工作量很大。然而盡管食品中細菌種類很多，但其中是以異養、中溫、好氧或兼性厭氧的細菌占絕對多數，同時它們對食品的影響也最大，所以在食品的細菌總數檢測時采用國家標準規定的方法是可行的，而且已得到公認。
食品中細菌數量的食品衛生學意義主要有兩個方面。第一個方面的意義是可作為食品被微生物污染程度的標志。食品中細菌數量越多，說明食品被污染的程度越重、越不新鮮、對人體健康威脅越大。相反，食品中細菌數量越少，說明食品被污染的程度越輕，食品衛生質量越好。在我國的食品衛生標準中，針對各類不同的食品分別制定出了不允許超過的數量標準，借以控制食品污染的程度。第二個方面的意義是可以用來預測食品可存放的期限，食品中細菌數量越少，食品可存放的時間就越長，相反，食品的可存放時間就越短。如菌數為105個/cm2的牛肉在0℃時可存放7d，而菌數為102個/cm2時，在同樣條件下可存放18d；在0℃時菌數為105個/cm2的魚可存放6d，而菌數為103個/cm2時，則存放時間可延長至12d。
由于食品的性質、處理方法及存放條件的不同，以致對食品衛生質量具有重要影響的細菌種類和相對數量比也不一致，因而目前在食品細菌數量和腐敗變質之間還難于找出適用于任何情況的對應關系。同時，用于判定食品腐敗變質的界限數值出入也較大。有人主張判定豬肉新鮮、次鮮及變質的菌落總數界限值分別為104個/g、104個/g～106個/g和106個/ g 以上，鮮魚變質的界限值為104個/g。
2.3大腸菌群及食品衛生學意義
大腸菌群主要包括腸桿菌科中的埃希氏菌屬、檸檬酸細菌屬、克雷伯氏菌屬和腸桿菌屬。這些屬的細菌均來自于人和溫血動物的腸道，需氧與兼性厭氧，不形成芽孢，在35～37℃條件下，48h內能發酵乳糖產酸產氣，革蘭氏陰性。大腸菌群中以埃希氏菌屬為主，埃希氏菌屬被俗稱為典型大腸桿菌。大腸菌群都是直接或間接地來自人和溫血動物的糞便。本群中典型大腸桿菌以外的菌屬，除直接來自糞便外，也可能來自典型大腸桿菌排出體外7~30d后在環境中的變異。所以食品中檢出大腸菌群，表示食品受到人和溫血動物的糞便污染，其中典型大腸桿菌為糞便近期污染，其他菌屬則可能為糞便的陳舊污染。
大腸菌群最初作為腸道致病菌而被用于水質檢驗，現已被我國和國外許多國家廣泛用作食品衛生質量檢驗的指示菌。大腸菌群的食品衛生學意義是作為食品被糞便污染的指示菌，食品中糞便含量只要達到10－3mg/kg即可檢出大腸菌群。一般認為，作為食品被糞便污染的理想指示菌應具備以下特征：1）僅來自于人或動物的腸道，并在腸道中占有極高的數量。2）在腸道以外的環境中，具有與腸道病原菌相同的對外界不良因素的抵抗力，能生存一定時間，生存時間應與腸道致病菌大致相同或稍長。3）培養、分離、鑒定比較容易。大腸菌群比較符合以上要求。然而由于大腸菌群在低溫條件不適宜生長，特別是在冰凍條件下容易死亡，所以用大腸菌群作為冷凍食品的糞便污染指示菌并不理想。由于腸球菌對冷凍條件有強的抵抗力，因而有人主張以它作為冷凍食品的糞便污染指示菌更為合適，但由于腸球菌的培養較難，加之檢驗方法比較復雜，而且還沒有統一的檢驗方法，因此該主張尚未得到采用。
腸道致病菌如沙門氏菌屬和志賀氏菌屬是引起食物中毒的重要致病菌，然而對食品經常進行逐批逐件地檢驗又不可能，鑒于大腸菌群與腸道致病菌來源相同，而且一般在外環境中生存時間也與主要腸道病原菌一致，所以大腸菌群的另一個重要食品衛生學意義是作為腸道病原菌污染食品的指示菌。當然食品中檢出大腸菌群，只能說明有腸道病原菌存在的可能性，兩者并非一定平行存在，但只要食品中檢出大腸菌群，則說明有糞便污染，即使無病原菌，該食品仍可被認為是不衛生的。
保證食品中不存在大腸菌群實際上并不容易做到，重要的是其污染程度。食品中大腸菌群的數量，我國和許多國家均用以每100g或100ml檢樣中大腸菌群最近似數（The most probable number，簡稱為MPN）來表示。這是按照一定檢驗方法得到的估計數值，我國統一采用樣品三個稀釋度各接種三管，乳糖發酵、分離培養和復發酵試驗，然后根據大腸菌群MPN檢索表報告結果。
2.1 食品中常見的細菌
食品中細菌來自內源和外源的污染，而食品中存活的細菌只是自然界細菌中的一部分。這部分在食品中常見的細菌，在食品衛生學上被稱為食品細菌。食品細菌包括致病菌、相對致病菌和非致病菌，有些致病菌還是引起食物中毒的原因。它們既是評價食品衛生質量的重要指標，也是食品腐敗變質的原因。在《伯杰氏系統細菌學手冊》(Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology)（1984~1989）中，污染食品后可引起腐敗變質、造成食物中毒和引起疾病的常見細菌分為以下科屬。
2.1.1 革蘭氏陰性需氧或微需氧、能運動的螺旋形或彎曲細菌
這一類細菌中與食品有關的主要是彎曲桿菌屬（Campylobacter），該屬菌為革蘭氏陰性、微需氧的螺旋狀細菌。菌體大小為0.5~5×0.2~0.8μm。在菌體的一端或兩端生有一根鞭毛，能運動。
在陳舊培養基中有時變成球狀。該屬菌生長時需要8％~15％的氧，在含有0.5％~1.5％NaCl的培養基中才能生長，在不含NaCl的蛋白胨水和瓊脂上不生長。不能利用葡萄糖等碳水化合物，不產生吲哚。氧化酶陽性。能使硝酸鹽還原成亞硝酸鹽。
彎曲桿菌廣泛分布于世界各地。人食入含有該菌的食物后，可發生食物中毒，引起細菌性腸炎，癥狀為下痢、腹痛、發熱、惡心、嘔吐等。
2.1.2 革蘭氏陰性需氧桿菌和球菌
2.1.2.1 假單胞菌科（Pseudomonadaceae）
該科中在食品中最常見的是假單胞菌屬（Pseudomonas）。該屬菌為革蘭氏陰性、無芽孢、需氧、直或稍彎曲桿狀。菌體大小為0.5~1×1.5~4μm，大部分極生鞭毛，能運動。氧化酶陽性，糖代謝方式為呼吸型。營養要求簡單，大部分菌種在不含維生素、氨基酸的合成培養基中仍能良好生長。假單胞菌屬的細菌多具有分解蛋白質和脂肪的能力，其中有些分解能力很強。部分菌株可產生水溶性熒光色素。
此外，假單胞菌還具有一些特點：增殖速度快；一些種能在5℃的低溫下生長；具有很強的產生氨等腐敗產物的能力。因而，假單胞菌污染肉及肉制品、鮮魚貝類、禽蛋類、牛乳和蔬菜等食品后可引起腐敗變質，并且是冷藏食品腐敗的重要原因菌。例如，熒光假單胞菌（P.fluorescens）在低溫下可使肉、乳及乳制品腐敗；生黑色腐敗假單胞菌（P.nigrifaciens）能使動物性食品腐敗，并在其上產生黑色素；菠蘿軟腐病假單胞菌（P.ananas）可使菠蘿果實腐爛，被侵害的組織變黑并枯萎。與食品腐敗有關的菌種還有，草莓假單胞菌（P.fragi）、類藍假單胞菌 （P.syncyanea）、類黃假單胞菌（P.synxantha）、腐臭假單胞菌（P.taetrolens）、腐敗假單胞菌（P.putrefaciens）、生孔假單胞菌（P.lacunogenes）、粘假單胞菌（P.myxogenes）等。假單胞菌屬中的有些種對人或動物有致病性。該屬菌多分布于土壤和水中及各種植物體上。
2.1.2.2鹽桿菌科（Halobacteriaceae）
鹽桿菌科包括鹽桿菌屬（Halobacterium）和鹽球菌屬（Halococcus）2個屬。鹽桿菌屬和鹽球菌屬對高滲均具有很強的耐受能力，可在高鹽環境中（3.5%至飽和鹽溶液中）生長。低鹽可使細菌由桿狀變為球狀。鹽桿菌和鹽球菌可在咸肉和鹽漬食品上生長，引起食物變質。
2.1.2.3 醋酸桿菌科（Acetobacteraceae）
1）醋酸桿菌屬（Acetobacter） 該屬菌的細胞為橢圓形至桿狀，直或稍彎曲，以單個、成對或成鏈存在。有些菌株經常出現退化的類型。以周生鞭毛或側生鞭毛運動，或不運動，無芽孢。菌落灰白色，大多數菌株不產生色素，少數菌株產生褐色水溶性色素，或由于細胞內含卟啉而使菌落呈粉紅色。專性好氧。幼齡為革蘭氏陰性桿菌，老齡常變為陽性。最適宜生長溫度為25～30℃。該屬菌能將乙醇氧化成醋酸，并可將醋酸和乳酸氧化成CO2和水。其生長所需的最好碳源是乙醇、甘油和乳酸。有些菌株能夠合成纖維素，當這些菌株生長在靜止的液體培養基中時，會在表面形成一層纖維素薄膜。醋酸桿菌屬細菌主要分布在花、果實、葡萄酒、啤酒、蘋果汁、醋和果園土等環境中，并可引起菠蘿的粉紅病和蘋果、梨的腐爛。該屬菌在食品工業上可用于食醋釀造。
2）葡糖桿菌屬（Gluconobacter） 該屬細菌為橢圓狀或桿狀，單生、成對或排列成鏈狀，有或無鞭毛。菌落灰白色，專性好氧，最適生長溫度為25~30℃，在37℃不生長。最適pH5.5~6.0，大多數菌株能在pH3.6生長。老齡菌常由革蘭氏陰性變為陽性。能氧化乙醇成醋酸，但不能將醋酸或乳酸氧化成CO2和H2O。該屬菌廣泛分布于花、果實、蜂蜜、蘋果汁、葡萄酒、醋和軟飲料等環境中，可導致含酒精飲料變酸。
2.1.2.4 所屬科未定的屬
該類群中與食品關系較密切的是產堿桿菌屬（Alcaligenes）。該菌為桿狀、球桿狀或球狀，通常單個存在，周生鞭毛，可運動。適宜生長溫度為20~37℃。專性好氧，有些菌株能在硝酸鹽或亞硝酸鹽存在時進行厭氧呼吸。能利用各種有機酸和氨基酸作為碳源，并能從幾種有機鹽和酰胺產堿。
產堿桿菌廣泛分布于土壤、水、腐朽物質、人及動物腸道內等自然界中，與高蛋白食品變質有關，但不分解酪蛋白。
2.1.3 革蘭氏陰性兼性厭氧桿菌
2.1.3.1 腸桿菌科（Enterobacteriaceae）
腸桿菌科細菌為革蘭氏陰性桿菌，大小為0.4~0.7×1.0~4.0μm。大部分周生鞭毛、能運動，少數無鞭毛、不運動。最適生長溫度為37℃（除歐文氏菌屬和耶爾森氏菌屬外）。氧化酶陽性。能發酵糖類，大部分能發酵糖產酸產氣。對熱抵抗力弱，可被巴氏消毒殺死。
腸桿菌科的細菌大多存在于人和動物的腸道內，是腸道菌群的一部分。其中一些菌種是人和動物的致病菌，一些是植物的病原菌，還有一些是引起食品腐敗變質的腐敗菌。該科中的主要屬如下：
1） 埃希氏菌屬（Escherichia） 細胞呈直桿狀，單個或成對存在。許多菌株產莢膜或微莢膜，周生鞭毛運動或不運動。有些菌株表面生有大量菌毛。化能有機營養，兼性厭氧。埃希氏菌屬中的代表菌種是大腸埃希氏菌（E.coli），簡稱大腸桿菌。大腸桿菌多具有鞭毛，能發酵乳糖產酸產氣，產生吲哚。通常單生。菌落光滑、低凸、潮濕和灰白、表面有光澤、邊緣整齊，或粗糙、干燥，也可形成粘液狀菌落。大腸桿菌是人和動物腸道正常菌群之一，絕大多數大腸桿菌在腸道內無致病性，極少部分可產生腸毒素等致病因子，引起食物中毒。此外，該菌大多具有組氨酸脫羧酶活性，污染食品后，可在食品中產生組胺，引起過敏性食物中毒。大腸桿菌是食品中常見的腐敗菌，也是食品和飲用水的糞便污染指示菌之一。
大腸桿菌污染食品引起腐敗變質后，可產生不潔凈或糞便氣味。
2） 志賀氏菌屬（Shigella） 該屬菌為直桿菌，革蘭氏陰性、兼性厭氧、不運動、無芽孢，菌落中等大小、半透明、光滑。不能利用檸檬酸或丙二酸作為唯一碳源，大多數菌株不分解乳糖。根據生化和血清學反應，可將其分為痢疾志賀氏菌（S.dysenteriae ，A亞群）、弗氏志賀氏菌（S.flexneri ，B亞群）、鮑氏志賀氏菌（S.boydii ，C亞群）和宋內氏志賀氏菌（S.sonnei ，D亞群）4個亞群。該菌污染食品經口進入人體后，可侵入大腸的上皮細胞，引起以下痢、發熱、腹痛為主的細菌性紅痢。
3）沙門氏菌屬（Salmonalla） 該屬為革蘭氏陰性無芽孢直桿菌，大小為0.5~0.8×3~4μm。菌體周生鞭毛，能運動。兼性厭氧，最適生長溫度為35~37℃。該屬菌能發酵葡萄糖產酸產氣，不分解乳糖，產生H2S。根據其生化性狀差別，可分為Ⅰ~Ⅴ個亞屬。根據細胞表面抗原和鞭毛抗原的不同，分為2000多個血清型。不同血清型的致病力及侵染對象不盡相同，有些對人致病，有些對動物致病，也有些對人和動物都致病。
沙門氏菌廣泛分布于自然界，已從人和家畜等哺乳動物、禽類、蛇、龜、蛙等兩棲動物中分離出該菌。從自然環境中的蚯蚓、魚等中也分離出該菌。該菌常污染魚、肉、禽、蛋、乳等食品，在食品中增殖，人食入后可在消化道內增殖，引起急性胃腸炎和敗血癥等。該菌是重要的食物中毒性細菌之一。
4）腸桿菌屬（Enterobacter） 該屬菌為直桿狀，周生鞭毛，能運動，兼性厭氧。可發酵葡萄糖產酸產氣。在人腸道內比大腸桿菌少，廣泛分布于土壤、水和食品中，是條件致病菌，可從尿液、痰、呼吸道等分離到。該屬菌污染食品后可引起食品的腐敗變質。此外，有部分低溫性菌株可引起冷藏食品的腐敗。
5）檸檬酸細菌屬（Citrobacter） 該屬菌能運動，可利用檸檬酸鹽作為碳源。廣泛分布與自然界，可引起食品腐敗變質。該屬中有部分低溫性菌株可在4℃增殖，引起冷藏食品的腐敗變質。
6）歐文氏菌屬（Erwinia） 該屬菌為直桿狀，單個、成對、有時呈短鏈存在。周生鞭毛，能運動，兼性厭氧。既有寄居在人和動物腸道內的細菌，也有植物的病原菌和腐生菌。例如，解淀粉歐文氏菌（E.amylovora）可使植物發生癌瘤和枯萎；胡蘿卜軟腐歐文氏菌（E.carotovora）具有果膠酶，可引起植物軟腐病。具有果膠酶的歐文氏菌可與假單胞菌、芽孢桿菌等其他腐敗細菌一起附著在果蔬上，在運輸過程中或在市場上引起腐敗，是所謂市場病的原因菌之一。
7）克雷伯氏菌屬（Klebsiella） 該屬菌為直桿狀，單個、成對或短鏈排列，革蘭氏陰性、有莢膜、不運動。廣泛分布于水、土壤、人和動物的消化道及呼吸道、糧食和冷藏食品上。可引起食品變質、人的上呼吸道感染、肺炎、敗血癥等。
8）沙雷氏菌屬（Sarratia） 該屬菌呈直桿狀，兩端鈍圓，通常以周生鞭毛運動。菌落大多數不透明，略有光澤、白色、粉色或紅色，許多菌株可產生紅色色素。兼性厭氧。該屬菌廣泛分布于水、土壤和植物表面，是腐敗作用較強的腐敗細菌，也是人類的條件致病菌。對食品中的蛋白質具有較強的分解能力，并產生大量揮發性氨態氮等腐敗性產物，使食品產生很強的腐敗性氣味。
9）變形菌屬（Proteus） 該屬菌呈直桿狀，并隨培養條件不同，可形成絲狀、球桿狀。以周生鞭毛運動，能急速運動，在濕潤的培養基表面上，大多數菌株有周期性的群游而產生的同心圓帶，或擴展成均勻的菌膜。該屬菌為兼性厭氧，廣泛分布于動物腸道、土壤和水中，具有很強的蛋白質分解能力，是重要的食品腐敗菌之一。該菌污染食品后可在食品中迅速增殖，初期使食品的pH值稍下降，以后產生鹽基氮，使食品轉為堿性并使其軟化。
10）哈夫尼菌屬（Hafnia） 該屬菌廣泛分布于污水、土壤、人和動物糞便中，是蜜蜂等昆蟲的病原菌。該屬中有底溫性菌株，可在4℃左右增殖，使食品特別是包裝食品在底溫貯藏時腐敗變質。
11）耶爾森氏菌屬（Yersinia） 該屬中與食品關系最密切的是小腸結腸炎耶爾森氏菌（Y.enterocolitica）。該菌為短桿菌，無莢膜和芽孢，大多周生鞭毛，兼性厭氧。該菌在25~30℃培養時具有運動性，在37℃培養時則失去運動性。該菌廣泛分布于自然界，污染食品后可引起以腸胃炎為主的食物中毒。
2.1.3.2 弧菌科（Vibrionaceae）
弧菌科包括4個屬，菌體為球桿、直的或彎曲狀，革蘭氏陰性，以極生鞭毛運動，兼性厭氧。大多數種的最佳生長需要2%~3%NaCl或海水為基礎。主要為水生，廣泛分布于土壤、淡水、海水和魚貝類中。有幾個種是人類、魚、鰻和蛙，以及其他脊椎或無脊椎動物的病原菌。該科中與食品密切有關的屬如下。
1）弧菌屬（Vibrio） 該屬為革蘭氏陰性彎曲或直桿菌，單端生鞭毛，兼性厭氧，氧化酶陽性，發酵糖類產酸不產氣，不產生水溶性色素。廣泛分布于淡水、海水和魚貝中。在海洋沿岸、淺海海水中、海魚體表和腸道、浮游生物等中，均有較高的檢出率。海產動物死亡后，在低溫或中溫保藏時，該菌可在其中增殖，引起腐敗。該菌污染食品后，可引起食用者感染型食物中毒，發生腹痛、下痢、嘔吐等典型的急性腸胃炎。該屬中重要的菌種有副溶血性弧菌（V.parahaemolyticus）、霍亂弧菌（V.cholerae）等，它們都是人和動物的病原菌。
2）氣單孢菌屬（Aeromonas） 該屬菌為桿狀至近球狀，兩端鈍圓。以單個、成對或短鏈狀存在。通常以單端生鞭毛運動，在固體培養基上的幼齡菌可以形成周生鞭毛。兼性厭氧，氧化酶陽性，發酵糖類產氣或不產氣。一些菌株可產生褐色水溶性色素。該屬菌主要分布在海水和淡水中，可引起魚類、蛙類和禽類疾病，還可引起海產食品的腐敗變質及食用者的腸胃炎。
2.1.4 革蘭氏陽性球菌
2.1.4.1 微球菌科（Micrococcaceae）
細胞直徑0.5~2.5μm，在一個以上的平面分裂，形成規則或不規則的細胞簇。不運動或很少運動，好氧或兼性厭氧。所有菌株都能在5%NaCl環境中生長，許多菌株能在10%~15%的NaCl環境中生長。某些種是動物和人的條件致病菌。
1）微球菌屬（Micrococcus） 該屬菌為好氧、不運動、氧化酶和過氧化氫酶陽性的球菌。單生、雙生或四聯球狀排列，有的四聯球狀可以連接成立方堆團或不規則的簇群。菌落通常為圓形、凸起、光滑，某些菌株可以形成粗糙菌落。可產生黃、橙或紅色色素。細胞壁中不含磷壁酸，DNA的G＋C克分子％含量為65％~75％。對干燥和高滲有較強抵抗力，可在5％NaCl環境中生長，最適生長溫度為25~37℃。該屬菌廣泛存在于人和動物的皮膚上，也廣泛分布于土壤、水、植物和食品上，是重要的食品腐敗性細菌。在新鮮食品、加工食品和腐敗的食品中，該菌的檢出率都很高。可引起肉類、魚類、水產制品、大豆制品等食品的腐敗。
2）葡萄球菌屬（Staphylococcus） 該屬菌為兼性厭氧、過氧化氫酶陽性的球菌，以多個平面分裂，單個、成對以及不規則的葡萄串狀排列。不運動。菌落圓形、低凸起、光滑、閃光奶油狀，不透明，可產生金黃色、檸檬色、白色等非水溶性色素。細胞壁中含有磷壁酸，DNA的G＋C克分子%含量為30%~39%。該屬具有很強的耐高滲透壓能力，可在7.5%~15%NaCl環境中生長。本屬中與食品關系最為密切的是金黃色葡萄球菌（S.aureus）。該菌除具有上述特征外，還能發酵葡萄糖、分解甘露醇，卵磷脂酶陽性，可產生腸毒素等多種毒素及血漿凝固酶等。該菌存在于人和動物的化膿處、健康人的鼻腔、手指、皮膚和毛發上，并廣泛分布于動物體表、垃圾及人類的生活環境中。污染食品后可在其中繁殖，產生毒素，人食入該食品后可引起食物中毒。該菌感染人或動物后，可引起各種化膿性疾病、肺炎、敗血癥、心內膜炎等。
2.1.4.2 所屬科未定的屬
這一類群中與食品有密切關系的屬有鏈球菌屬（Streptococcus）、明串珠菌屬（Leuconostoc）、片球菌屬（Pediococcus）和氣球菌屬（Aerococcus）等。它們均為革蘭氏陽性、兼性厭氧、過氧化氫酶陰性球菌。
1） 鏈球菌屬（Streptococcus） 細胞通常為球形或卵球形，直徑小于2μm。無芽孢，不運動，革蘭氏陽性。在液體培養基中成對或鏈狀排列，有的種有莢膜。兼性厭氧，過氧化氫酶陰性，發酵糖類產生乳酸，不產氣。DNA的G＋C克分子%含量為43%~46%。鏈球菌屬又分為釀膿鏈球菌群、口腔鏈球菌群、厭氧鏈球菌群、乳酸鏈球菌群和腸球菌群等6個群。該屬中許多種為共棲菌或寄生菌見于人和動物的口腔、上呼吸道、腸道等處，其中有些是致病菌。少數為腐生菌，存在于自然界，污染食品后可引起腐敗變質。
乳酸鏈球菌群中的有些種，如乳鏈球菌（S.lactis）、乳脂鏈球菌（S.cremoris）、嗜熱鏈球菌（S.thermophilus）可用于生產乳酸發酵食品。
① 乳鏈球菌（S.lactis） 細胞卵圓形，并在鏈長軸方向伸長，直徑0.5~1.0μm，多數成對或短鏈。從葡萄糖、麥芽糖及乳糖產酸。在含4.0%NaCl的培養基中生長。營養要求復雜，在合成培養基上生長，需要多種B族維生素和氨基酸。最適生長溫度約30℃，在45℃時不生長。常見于牛奶及乳制品中。
② 乳脂鏈球菌（S.cremoris） 細胞圓形或卵圓形，其卵圓形的長軸方向與鏈的方向相同。直徑0.6~1.0μm。形成長鏈，在牛乳中更是如此，但在有些培養物中成對的細胞占優勢。發酵葡萄糖和乳糖產酸，營養要求與乳鏈球菌幾乎相同。最適生長溫度約30℃，在40℃時不生長。分布于生奶和乳制品中。
③ 嗜熱鏈球菌（S.thermophilus） 細胞圓形或卵圓形，直徑0.7~0.9μm，成對或長鏈狀。從葡萄糖、果糖、乳糖和蔗糖產酸。在合成培養基上連續培養傳代需要六種B族維生素。最適生長溫度為40~45℃，在50℃能生長，但在53不能生長，低于20℃不生長。分布于牛乳及乳制品中。
2）明串珠菌屬（Leuconostoc） 該屬菌細胞呈球形或卵圓形，在成對或鏈狀時長大于寬。在長鏈時呈具圓端的短桿狀。革蘭氏陽性，不運動，不產芽孢，兼性厭氧。生長緩慢，可形成小菌落，直徑常小于1.0mm，光滑、圓形、略顯灰白色。最適生長溫度約20~30℃。發酵葡萄糖產生D型乳酸、乙醇和CO2。該屬中的腸膜明串珠菌腸膜明串珠亞種（L.mesenteroides subsp.mesenteroides）和腸膜明串珠菌葡聚糖亞種（L.mesenteroides subsp .dextoranicum），可發酵蔗糖產生特征性的葡聚糖粘質物，存在于粘質物中的菌可耐受80~85℃高溫。廣泛分布于果蔬、乳及乳制品中，能在高濃度的含糖食品中生長。對植物、動物和人無致病性。可使牛乳變粘；造成制糖工業中糖液粘度增加，影響過濾而降低糖的產量。
3）片球菌屬（Pediococcus） 細胞球形，直徑1.2~2.0μm。成對或沿著二個垂直平面形成四聯狀排列，罕見單個細胞，不形鏈狀。革蘭氏陽性，不運動，不形成芽孢，兼性厭氧，有的菌株在有氧時會抑制生長。同型發酵產生乳酸，從葡萄糖、果糖和甘露糖產酸不產氣。最適生長溫度25~40℃。主要存在于發酵的植物材料和腌漬蔬菜中，與啤酒等酒精飲料的變質有關。
① 啤酒片球菌（P.cerevisiae） 細胞球狀，直徑0.6~1.0μm。從麥芽糖產酸不產氣。可產生丁二酮，腐敗啤酒中特殊的氣味與該成分有關。最適生長溫度25℃，在35℃不生長。致死溫度60℃10min。高度耐啤酒花防腐劑。在pH3.5~6.2時可生長，最適pH約為5.5。分布于腐敗的啤酒和啤酒酵母中。
② 乳酸片球菌（P.acidilactici） 細胞球狀，直徑0.6~1.0μm。在不加啤酒花的麥芽汁中生長，但在啤酒花麥芽汁或啤酒中不生長。最適生長溫度40℃，最高生長溫度52℃。見于酸泡菜和發酵的麥芽汁中。
③ 戊糖片球菌（P.pentosaceus） 細胞球狀，直徑0.8~1.0μm。最適生長溫度35℃，最高生長溫度42~45℃。對啤酒花防腐劑敏感。分布于麥芽汁及發酵植物材料中，如酸腌菜、泡菜、青貯料等中。
④ 嗜鹽片球菌（P.halophilus） 細胞球狀，直徑0.6~0.8μm。在含6%~8%NaCl的液體培養基中生長最好，耐鹽力可高于15%。最適生長溫度25~30℃，最高生長溫度40℃。在豆醬和黃醬等產品的制作中本種很活躍。
2.1.5 革蘭氏陽性芽孢桿菌和球菌
該類群中與食品關系密切的菌屬如下。
2.1.5.1 芽孢桿菌屬（Bacillus）
該屬為革蘭氏陽性桿菌，可形成芽孢，對不良環境條件有很強的抵抗力。周生鞭毛，需氧或兼性厭氧，絕大多數菌種產生過氧化氫酶。該菌廣泛分布于土壤、植物、腐殖質及食品上。其中包括人和動物的病原性細菌炭疽芽孢桿菌（B.anthracis）、食物中毒性細菌蠟樣芽孢桿菌（B.cereus）、昆蟲的病原菌蘇云金芽孢桿菌（B.thuringiensis）。此外，也包括可用于食品工業生產的枯草芽孢桿菌（B.subtilis）。
1）蠟樣芽孢桿菌（B.cereus） 該菌廣泛分布于土壤、水、調味料、乳及咸肉中，污染牛乳后可產生卵磷脂酶，破壞脂肪球膜，使得脂肪不能很好地乳化，還可以產生類似凝乳酶的酶，使乳在酸度不高時即可發生凝固。蠟樣芽孢桿菌的生長溫度為10～48℃，pH為4.9～9.3，發芽溫度范圍為1～59℃。該菌污染食品后，可以引起食品腐敗變質，并且產生下痢性毒素、腸毒素、溶血素、嘔吐毒素及腸管壞死毒素等，引起人食物中毒。
2）枯草芽孢桿菌（B.subtilis） 該菌菌落呈圓形或不規則形狀，表面粗糙或有皺紋，呈奶油色或褐色，菌落形態與培養基成分有關。枯草芽孢桿菌污染面粉后，可以使發酵面團產生液化粘絲狀現象，使烤制的面包或饅頭出現斑點或斑紋，并且伴有異味。在肉類表面可產生粘液并有異味。在肉類罐頭及其他肉制品上經常可以分離到該菌，但在密封的罐頭中較少引起變質。在牛乳中生長，可以使牛乳變稠，有時在不變酸時使牛乳凝固，即產生所謂的甜凝乳現象。
3）巨大芽孢桿菌（B.megaterium） 該菌可以在含氨的環境中生長，不需要生長因子，無卵磷脂酶活性。在厭氧條件下，于葡萄糖肉湯中不生長，多數菌株可在培養基中產生黃、粉紅、褐或黑色色素。適宜生長溫度為28~37℃。該菌可以從鮮乳、消毒乳、干酪、肉類等食品中分離到，可使濃縮乳凝固并產生干酪味和氣體，使肉類罐頭變質脹罐。
4）嗜熱脂肪芽孢桿菌（B.stearothermophilus） 該菌菌落為圓形或不規則圓形小菌落，表面光滑或粗糙，能在49~65℃范圍內生長，對熱的抵抗力很強。該菌在pH5.0以下的培養基上不生長。該菌主要可引起罐藏食品和淀粉類食品的腐敗。
5） 凝結芽孢桿菌（B.coagulans） 該菌菌落為不透明的小菌落，生長溫度范圍為18~60℃，可在酸性條件下生長。在有氧條件下于葡萄糖肉湯中生長，產生醋酸、乳酸和CO2。在厭氧條件下主要產生乳酸，不產氣。該菌能在pH3.5~4.5的食品中生長，引起食品變質，罐頭食品變質后外觀不膨脹。在煉乳罐頭中，通常使乳形成堅實凝結，偶爾呈碎片狀凝結，并有乳清析出。此種變質亦常發生于含有蔗糖的乳制品中。
2.1.5.2 梭菌屬 （Clostridium）
該屬的絕大多數種為厭氧菌，只有少數種可在大氣條件下生長，但在大氣中不形成芽孢。該屬菌形成的芽孢多呈球形，位于菌體中央，使菌體呈梭狀。對不良環境條件具有極強的抵抗力。該屬菌對營養的需要因菌種不同而異。可耐受2.5%～6.5%NaCl濃度的滲透壓，對亞硝酸鈉和氯敏感。
梭菌廣泛分布于土壤、下水污泥、海水沉淀物、腐敗植物、食品、人和其他哺乳動物的腸道內。該屬中的一些菌種如丁酸梭菌（C.butyricum）可分解碳水化合物產生各種有機酸（乙酸、丙酸、丁酸）和醇類（乙醇、異丙醇、丁醇），在食品加工上可用以生產某些酸、醇和酮類。一些菌種如腐化梭菌（C.putrefaciens）分解蛋白質和氨基酸，產生H2S、硫醇、甲基吲哚（糞臭素）等具有惡臭味的腐敗產物，在乳中生長時可使乳中酪蛋白完全胨化，在熟肉上生長使肉變黑，在罐頭中生長時，因產氣使罐頭發生膨脹。肉毒梭菌（C.botulinum）在食品中增殖時可產生肉毒毒素，當人們食入含有該毒素的食品時，可發生毒素型食物中毒，早期癥狀為全身無力、頭痛、頭暈，繼而出現眼瞼下垂、視力模糊、瞳孔散大、吞咽困難等癥狀直至死亡。此外某些梭菌如破傷風梭菌（C.tetani）是人和動物的破傷風病病原菌。
2.1.6 革蘭氏陽性規則無芽孢桿菌
該類群中與食品關系最為密切的是乳桿菌屬（Lactobacillus）。
乳桿菌屬（Lactobacillus） 細胞桿狀、規則，大小為0.5~1.2×1.0~10.0μm。通常長桿狀，但有時是球桿狀，通常成短鏈。革蘭氏陽性，革蘭氏染色或美藍染色時，有的菌株顯示出兩極體、細胞內顆粒或橫紋。不生芽孢。細胞罕見以周生鞭毛運動。菌落凸起、全緣，直徑2~5mm。兼性厭氧，有時微好氧，在有氧時生長差，降低氧分壓時生長較好；有的菌在剛分離時為厭氧菌。通常5%CO2可促進生長。發酵分解糖代謝，終產物中50%以上是乳酸。最適宜生長溫度為30～40℃。廣泛分布于乳制品、肉制品、魚制品、谷物及果蔬制品等許多環境，它們是人類和許多動物口腔、消化道和陰道的正常菌群，罕見致病。該屬中的許多種可用于生產乳酸或發酵食品，污染食品后也可應引起食品變質。
2.1.7革蘭氏陽性不規則無芽孢桿菌
這一類群包括的屬很多，其中在食品中常見的屬有以下幾個：
2.1.7.1棒桿菌屬（Croynebacterium）
為直的或彎曲的棒狀桿菌，有時呈橢圓、卵圓形，細胞突然分裂而形成“八”字形和柵欄狀排列。不運動。過氧化氫酶陽性。好氧或兼性厭氧。主要分布在土壤、水和動植物上。通常可以在奶酪、乳、雞肉、雞蛋、肉類及魚類等食品中發現。可引起食品腐敗，但是腐敗作用不強。該屬中有人和動物病原菌、植物病原菌和腐生菌。
2.1.7.2節桿菌屬（Arthrobacterium）
該屬菌呈明顯多形性，為桿狀或球狀，運動或不運動，較大的球狀細胞移植到新鮮培養基上，從球狀細胞上可伸出1～3個芽管，該芽管可形成桿狀細胞，桿狀細胞隨著時間的延長，可變成球狀。革蘭氏染色大部分為陽性，少數呈陰性。過氧化氫酶陽性，適宜生長溫度為25～30℃。嚴格好氧。該屬細菌存在于土壤、肉與肉制品、乳制品、乳品加工廢水以及污泥中等。
2.1.7.3短桿菌屬（Brevibacterium）
幼齡培養物的細胞呈不規則的桿狀，大小為0.6~1.2×1.5~6.0μm。單個或成對排列，常成V形排列，可出現分支，但不形成菌絲體，老培養物變成球狀。革蘭氏陽性，不運動，不產芽孢，可在含有8%NaCl的培養基中生長。具有蛋白分解能力，可在滅菌魚肉中生長，引起腐敗，但腐敗能力不強。廣泛分布于乳制品，某些菌株可參與干酪成熟過程。
2.1.7.4微桿菌屬（Microbaterium）
該屬菌為革蘭氏陽性不規則的小桿菌，大小為0.4~0.9×1.0~3.0μm，單個或成對，有的排列成直角到V字形，不常見分支，不形成菌絲體，老培養物桿狀縮短，可出現球狀。革蘭氏陽性，不形成芽孢，能運動或不運動。好氧，弱厭氧。DNA的G+C克分子%含量為69%~75%。該屬菌可存在于豬肉、牛肉、禽肉、禽蛋及乳制品上，可使肉制品腐敗產生異味。
2.1.7.5 丙酸桿菌屬（Propionibacterium）
該屬菌為不規則的桿菌，有分枝，有時呈球狀。不形成芽孢，不運動。兼性厭氧。能使葡萄糖發酵產生丙酸、乙酸和氣體。最適生長溫度30~37℃。主要存在于乳酪、乳制品和人的皮膚上，參與乳酪成熟，使乳酪產生特殊香味和氣孔。
2.1.7.6 雙歧桿菌屬（Bifidobacterium） 細胞呈各種形態的桿狀，包括彎、棒狀和分支狀。單生、成對、V字排列，有時成鏈，細胞平行成柵欄狀，或玫瑰花結狀。偶爾呈膨大的球桿狀。大小為0.5~1.3×1.5~8.0μm。革蘭氏陽性，通常染色不規則。不運動，不產芽孢。厭氧，少數種可在含10%CO2的空氣中生長。pH低于4.5和高于8.5時不生長。發酵碳水化合物活躍，發酵產物主要是乙酸和乳酸，不產生CO2。最適生長溫度為37~41℃。主要存在于人和各種動物的腸道內。
2.2 食品中細菌數量及其食品衛生學意義
食品中的細菌數量，通常是以每克或每毫升食品中或每平方厘米食品表面積上所含有的細菌個數來表示。在我國的食品衛生標準中，采用的測定食品中細菌數量的方法，是在嚴格規定的培養方法和培養條件（樣品處理、培養基種類及其pH、培養溫度與時間、計數方法等）下進行的，使得適應這些條件的每一個活菌細胞能夠生成一個肉眼可見的菌落，所生成的菌落總數即是該食品中的細菌總數。用此法測得的結果，常用Cfu（菌落形成單位，Colony forming unit）表示。
食品中細菌的種類很多，它們的生理特性和所需要的培養條件不盡相同。如果要采用培養的方法計數食品中所有的細菌種類和數量，必須采用不同的培養基及培養條件，其工作量很大。然而盡管食品中細菌種類很多，但其中是以異養、中溫、好氧或兼性厭氧的細菌占絕對多數，同時它們對食品的影響也最大，所以在食品的細菌總數檢測時采用國家標準規定的方法是可行的，而且已得到公認。
食品中細菌數量的食品衛生學意義主要有兩個方面。第一個方面的意義是可作為食品被微生物污染程度的標志。食品中細菌數量越多，說明食品被污染的程度越重、越不新鮮、對人體健康威脅越大。相反，食品中細菌數量越少，說明食品被污染的程度越輕，食品衛生質量越好。在我國的食品衛生標準中，針對各類不同的食品分別制定出了不允許超過的數量標準，借以控制食品污染的程度。第二個方面的意義是可以用來預測食品可存放的期限，食品中細菌數量越少，食品可存放的時間就越長，相反，食品的可存放時間就越短。如菌數為105個/cm2的牛肉在0℃時可存放7d，而菌數為102個/cm2時，在同樣條件下可存放18d；在0℃時菌數為105個/cm2的魚可存放6d，而菌數為103個/cm2時，則存放時間可延長至12d。
由于食品的性質、處理方法及存放條件的不同，以致對食品衛生質量具有重要影響的細菌種類和相對數量比也不一致，因而目前在食品細菌數量和腐敗變質之間還難于找出適用于任何情況的對應關系。同時，用于判定食品腐敗變質的界限數值出入也較大。有人主張判定豬肉新鮮、次鮮及變質的菌落總數界限值分別為104個/g、104個/g～106個/g和106個/ g 以上，鮮魚變質的界限值為104個/g。
2.3大腸菌群及食品衛生學意義
大腸菌群主要包括腸桿菌科中的埃希氏菌屬、檸檬酸細菌屬、克雷伯氏菌屬和腸桿菌屬。這些屬的細菌均來自于人和溫血動物的腸道，需氧與兼性厭氧，不形成芽孢，在35～37℃條件下，48h內能發酵乳糖產酸產氣，革蘭氏陰性。大腸菌群中以埃希氏菌屬為主，埃希氏菌屬被俗稱為典型大腸桿菌。大腸菌群都是直接或間接地來自人和溫血動物的糞便。本群中典型大腸桿菌以外的菌屬，除直接來自糞便外，也可能來自典型大腸桿菌排出體外7~30d后在環境中的變異。所以食品中檢出大腸菌群，表示食品受到人和溫血動物的糞便污染，其中典型大腸桿菌為糞便近期污染，其他菌屬則可能為糞便的陳舊污染。
大腸菌群最初作為腸道致病菌而被用于水質檢驗，現已被我國和國外許多國家廣泛用作食品衛生質量檢驗的指示菌。大腸菌群的食品衛生學意義是作為食品被糞便污染的指示菌，食品中糞便含量只要達到10－3mg/kg即可檢出大腸菌群。一般認為，作為食品被糞便污染的理想指示菌應具備以下特征：1）僅來自于人或動物的腸道，并在腸道中占有極高的數量。2）在腸道以外的環境中，具有與腸道病原菌相同的對外界不良因素的抵抗力，能生存一定時間，生存時間應與腸道致病菌大致相同或稍長。3）培養、分離、鑒定比較容易。大腸菌群比較符合以上要求。然而由于大腸菌群在低溫條件不適宜生長，特別是在冰凍條件下容易死亡，所以用大腸菌群作為冷凍食品的糞便污染指示菌并不理想。由于腸球菌對冷凍條件有強的抵抗力，因而有人主張以它作為冷凍食品的糞便污染指示菌更為合適，但由于腸球菌的培養較難，加之檢驗方法比較復雜，而且還沒有統一的檢驗方法，因此該主張尚未得到采用。
腸道致病菌如沙門氏菌屬和志賀氏菌屬是引起食物中毒的重要致病菌，然而對食品經常進行逐批逐件地檢驗又不可能，鑒于大腸菌群與腸道致病菌來源相同，而且一般在外環境中生存時間也與主要腸道病原菌一致，所以大腸菌群的另一個重要食品衛生學意義是作為腸道病原菌污染食品的指示菌。當然食品中檢出大腸菌群，只能說明有腸道病原菌存在的可能性，兩者并非一定平行存在，但只要食品中檢出大腸菌群，則說明有糞便污染，即使無病原菌，該食品仍可被認為是不衛生的。
保證食品中不存在大腸菌群實際上并不容易做到，重要的是其污染程度。食品中大腸菌群的數量，我國和許多國家均用以每100g或100ml檢樣中大腸菌群最近似數（The most probable number，簡稱為MPN）來表示。這是按照一定檢驗方法得到的估計數值，我國統一采用樣品三個稀釋度各接種三管，乳糖發酵、分離培養和復發酵試驗，然后根據大腸菌群MPN檢索表報告結果。