《食品生產許可證》屬于《工業產品生產許可證》范疇，但其申請、審查及發放程序與《工業產品生產許可證》略有不同。主要有以下3個方面：
    （1）受理申請的機構不同。根據國家質檢總局的有關規定，受理《食品生產許可證》申請的是省、市（地）級質量技術監督部門。特殊情況下，國家質檢總局也可直接受理企業申請。而《工業產品生產許可證》均由省級質量技術監督部門負責受理。
    （2）負責組織審查組的單位不同。根據國家質檢總局的有關規定，負責組織對申請《食品生產許可證》的企業進行書面材料審查和現場審查的審查組，是由省市（地）級質量技術監督部門組織的。而負責組織對申請《工業產品生產許可證》的企業進行書面材料審查的是省級質量技術監督部門組織，負責現場審查的機構是省級質量技術監督部門或者相應產品的審查部組織的審查組，具體審查部門在產品發證實施細則中規定。
    （3）審查內容不同。工業產品生產許可證生產條件的審查是質量體系審查；食品生產許可證的企業條件審查為10個生產必備條件的審查。