目前，國內外豬糞尿的綜合利用工程技術主要有兩大類：即物質循環利用型生態工程和健康與能源型綜合系統。
(一)物質循環利用型生態工程該工程技術是一種按照生態系統內能量流和物質流的循環規律而設計的一種生態工程系統。其原理是某一生產環節的產出(如糞尿及廢水)可作為另一生產環節的投入(如圈舍的沖洗)，使系統中的物質在生產過程中得到充分的循環利用，從而提高資源的利用率，預防廢棄污物等對環境的污染。
常用的物質循環利用型生態系統主要有種植業—養殖業—沼氣工程三結合、養殖業—漁業—種植業三結合及養殖業—漁業—林業三結合的生態工程等類型。其中種植業—養殖業—沼氣工程三結合的物質循環利用型生態工程應用最為普遍，效果最好。下面以此為例作簡要闡述。
種植業—養殖業—沼氣工程三結合的物質循環利用型生態工程的基本內容：規模化豬場排出的糞便污水進入沼氣池，經厭氧發酵產生沼氣，供民用炊事、照明、采暖(如溫室大棚等)乃至發電。沼液不僅作為優質餌料，用以喂雞、喂豬、養魚、養蝦等，還可以用來浸種、浸根、澆花，并對作物、果蔬葉面、根部施肥；沼氣渣可用作培養食用菌、蚯蚓，解決飼養畜禽蛋白質飼料不足的問題，剩余的廢渣還可以返田增加肥力，改良土壤，防止土地板結。此系統實際上是一個以生豬養殖為中心，沼氣工程為紐帶，集種、養、魚、副、加工業為一體的生態系統，它具有與傳統養殖業不同的經營模式。在這個系統中，生豬得到科學的飼養，物質和能量獲得充分的利用，環境得到良好的保護，因此生產成本低，產品質量優，資源利用率高，收到了經濟效益與生態效益同步增長的效果。
健康和能源型綜合系統的運作方式是：將豬糞尿先進行厭氧發酵，形成氣體、液體和固體三種成份，然后利用氣體分離裝置把沼氣中甲烷和二氧化碳分離出來，分離出來的甲烷可以作為燃料照明，也可進行沼氣發電，獲得再生能源；二氧化碳可用于培養螺旋藻等經濟藻類。沼氣池中的上層液體經過一系列的沼氣能源加熱管消毒處理后，可作為培養藻類的礦質營養成份。沼氣池下層的泥漿與其他肥料混合后，作為有機肥料可改良土壤；用沼氣發電產生的電能，可用來照明，還可帶動藻類養殖池的攪拌設備，也可以給蓄電池充電。過濾后的螺旋藻等藻體含有豐富、齊全的營養元素，即可以直接加入魚池中喂魚、拌入豬飼料中喂豬，也可以經烘干、滅菌后作為廉價的蛋白質和維生素源，供人們食用，補充人體所需的必需氨基酸、稀有維生素等營養要素。該系統的其他重要環節還包括一整套的凈水系統和植樹措施。這一系統的實施、運用，可以有效地改善豬場周圍的衛生和生態環境，提高人們的健康和營養水平。同時，豬場還可以從混合肥料、沼氣燃料、沼氣發電、魚蝦和螺旋藻體中獲得經濟收入。該系統的操作非常靈活，可隨不同地區、不同豬場的具體情況而加以調整。