消毒是凈化養殖環境，預防控制疫病的常用措施，包括生產前的消毒、生產過程中的消毒和生產后的消毒。每個養殖戶都知道消毒的重要性，都做過消毒工作，但對如何科學消毒，怎樣保證消毒的效果又是一個模糊的概念。生產實踐中，消毒做的不少，但效果了了，甚至從不關心消毒的效果，下面結合生產實踐談談農民養殖戶如何科學消毒。
一、消毒藥物的選擇
消毒藥物的選擇要有針對性，要根據消毒的目的、對象、疫病流行趨勢，依據高效、廣譜、經濟、副作用小的原則選擇藥物。市場上消毒藥物品種繁多，要選用有一定規模的、信譽較好的廠家的產品，關鍵要注意消毒藥物的有效成份和含量、生產日期、使用方法。目前常用的有以下幾類：氯類副作用小，溫度越高、殺菌力越強，多作飲水消毒；季胺鹽類，對革蘭氏陽性菌有較強的殺滅作用，多作棚舍、設備的消毒；甲醛對細菌、病毒均有效，但作用緩慢，有腐蝕性，多作棚舍的消毒。
二、棚舍的消毒
動物全部出欄后，用消毒藥按從內到外，從上到下全面噴霧消毒一次，然后把料桶、飲水設備等拆卸、移至舍外，再清除舍內、外糞便、墊料等污物，用高壓水沖洗棚舍、墻壁、地面及舍外墻壁、道路，2－3天待室內干燥后，用2％－3％NaOH水溶液(水溫在30℃以上，加強消毒效果)，噴灑舍內所有非金屬物品和空間，以及舍外道路、墻壁、門窗，霧滴不易過大，可控制在100－150μm之間。對設備用具先用水沖洗，然后用消毒藥浸泡，最后在陽光下曝曬后移入舍內，作簡單安裝備用。
空舍一定時間，動物入舍前2－3天，封閉門窗，用甲醛或甲醛與高錳酸鉀作熏蒸消毒，24小時后開啟門窗，通風24小時后使用，溫濕度對甲醛熏蒸消毒效果影響較大，甲醛溶液要加入2－3倍量水于鐵鍋中加熱，既提高了室內溫度，又增加了濕度，加強消毒效果。在生產實踐中，要掌握加入水的量和爐中煤的用量，盡可能達到在爐火熄滅時，水剛好蒸發完畢。用甲醛和高錳酸鉀消毒時要注意安全，防止傷人。
三、生產過程中的消毒
經過消毒的欄舍對畜禽是安全的，但隨時間的推移，動物的進入和人物、空氣的流動，各種病原微生物仍有可能侵襲動物，所以必須進行生產過程中的消毒。首先要建立健全消毒制度，強化消毒意識。欄舍的人口設消毒池或采取其他消毒措施，飼養人員要固定，不能串門，外來無關人員、物品禁止入內。其次，要搞好定期消毒，舍外可用2％－3％NaOH每4天作一次消毒，舍內每周做一次帶畜(禽)噴霧消毒，發生疫病時可增加次數或作飲水消毒，但長時間飲水消毒，可引起腸道菌群失調，引起腹瀉。
四、正確帶畜(禽)噴霧消毒
帶畜(禽)噴霧消毒不但能殺滅動物體表和空氣中的原微生物，而且能凈化空氣，夏季防暑降溫，對控制疫病具有重要意義。要選用刺激性小的藥物(如百毒殺、碘制劑)，消毒藥物以霧滴的形式經呼吸道進人體內，刺激性強的藥物極易引起呼吸道癥狀甚至死亡，時間應選擇在傍晚，光線較暗時，噴霧時噴頭向上，霧粒在80－120μm之間，過大下落太快起不到消毒作用，過小容易吸入肺部，引起呼吸困難甚至死亡。噴霧量按15ml／m3，兩種消毒藥交替使用，提高消毒效果，在發生呼吸道病或免疫前后三天不做消毒。
五、病死動物和糞污的處理
消毒的目的是殺滅病原微生物，而病死動物和糞污的處理不當可引起病原微生物擴散，成為新的傳播媒介，因此，病死動物和糞污的科學處理是消毒的另一種形式，對病死動物必須焚燒、深埋，非重大疫病死亡的可利用的動物尸體須作高溫處理后利用，不得買賣；對糞污要堆積發酵，以殺滅病原微生物。