實驗動物的選擇是醫學科學研究中首先要考慮的問題。因為實驗動物選擇恰當與否關系到課題質量的高低、經費開支的多少、研究途徑正確與否以及實驗方法的簡單與繁瑣問題，甚至會影響到課題的成敗及研究結果正確性。因此，必須從觀念上將實驗動物的選擇看作科技項目立項查新的文獻檢索一樣，作為醫學科研工作中的一個有機組成部分。同時，必須從實驗動物學的學科高度給予足夠的重視。其次，要了解實驗動物學基本知識，這是正確選擇實驗動物的基本條件。

常用實驗動物：
袋鼠(有袋目)、犰狳(貧齒目)、刺猬(食蟲目)、蝙蝠(翼手目)、兔、鼠兔(兔形目)、大鼠、小鼠、地鼠、豚鼠(嚙齒目)、江豚(鯨目)、海狗(鰭足目)、馬、騾、驢(奇蹄目)、豬、牛、羊、鹿(偶蹄目)、狗、貓、鼬(食肉目) 、獼猴、黑猩猩(靈長目)等。

生物醫學實驗中選擇實驗動物的基本原則
1.選用與人的機能、代謝、機構和疾病特點相似的動物。
非人靈長類動物----進化程度最高，是最接近與人類的理想動物，如，獼猴。
其他動物----雖進化程度低些，但可以達到實驗目的，如，犬、貓、豬等。
2.選用解剖、生理特點符合實驗目的要求的實驗動物、充分利用不同品種品系實驗動物存在的某些特殊反應。
如:
開胸和心臟實驗----適宜選用兔做實驗；
發熱、解熱和檢查致熱源實驗-----適宜選用兔做實驗；

觀察藥物對排卵的影響，進行避孕藥
研究-----適宜選用兔、貓；
動脈粥樣硬化實驗-----適宜選用兔、豬、猴；
肝外科實驗研究------適宜選用大鼠；
膽囊功能研究------不能選用大鼠；
嘔吐實驗----適宜選用猴、貓；
變態反應、Vc缺乏癥研究----適宜選用豚鼠；
對帶有雌激素活性的藥物進行避孕藥效研究----不能選用小鼠、大鼠；
同品種不同品系的動物存在有很多特殊的反應，應注意選擇應用。

3.根據課題研究目的內容選用
相匹配的標準化動物
標準化動物系指，經遺傳學、微生物學、環境及營養控制而繁育的動物。
微生物學、環境及營養的控制才能排除動物因攜帶影響實驗結果的微生物、寄生蟲及潛在疾病對結果準確性的影響。
遺傳學的控制才能排除實驗動物因雜交、遺傳學污染而造成個體之間的差異，影響結果的可重復性。

實驗動物遺傳類別選擇
近交系----其動物遺傳的均質性保證了實驗反應的穩定性；
封閉群----能較好地代表自然群體的遺傳特性；
F1雜交群----在一定程度上，兼有近交系和封閉群的特點；
突變動物----往往具有鮮明的人類疾病模型特征。

實驗動物具體品種品系選擇
如果實驗結論只針對某一品系則使用一個品系；
如果實驗結論針對整個物種在內的一般性研究則使用多個不同來源的品種、品系。
一般對多物種進行實驗時，應先選小型動物，再推廣到大型物種；要求只能建立在對多個物種進行實驗的基礎上，才能推廣到人類，也稱動物實驗外推。常用順序時小鼠、大鼠、兔、犬、猴。

微生物級別選擇
普通級----一般為教學示范用；
清潔級----國內科研工作要求的標準動 物，適合于大多數科研課題；
SPF級----國際標準實驗動物；
無菌動物-----僅在特殊課題需要時使用。

4.選用與實驗要求相適應的
實驗動物規格
年齡----年齡不同，其生物學特性往往不同，一般選性成熟后的青壯年動物。太小的動物的生理功能未達到成年水平。太老的動物的各器官老化，代謝功能下降，只在老年醫學研究中使用；
體重----在正常營養狀態和飼養條件下，體重與年齡有一定的相關性；
性別----許多實驗證明，同一品種（系）不同性別的動物對外界刺激的反應不一致。

5.選用人獸共患疾病的實驗動物和傳統應用的實驗動物
有些病因造成人和動物共同患病，其臨床過程、病理變化也相似，所以就應選用這樣的動物來研究人類疾病；
選擇科研、檢驗和生產中傳統使用的實驗動物。通過實踐積累，各個專業均會在某些方面的課題選定自己常用的動物品種系。

6.實驗動物的選擇和應用需注意
符合相應的國際規范
國際上普遍要求動物實驗達到實驗室操作規范（GLP）和標準操作程序（SOP）。這些規范對實驗動物的選擇和應用、實驗室條件、工作人員素質、技術水平、操作方法都要求標準化。這是實驗動物選擇和應用的總的要求。
遵循國際上的3R規則-----減少動物用量、實驗要精細、盡量采用替代物。