（一）染色法
染色法是用化學藥品在實驗動物身體明顯的部位，如被毛、四肢等處進行涂染，以染色部位、顏色不同來標記區分實驗動物，是最常用、最易掌握的經濟犯罪分子方法。
1． 常用染色劑
（1）3% ~ 5%苦味酸溶液，可染成黃色。
（2）0.5% 中性紅或品紅溶液,可染成紅色。
（3）2%硝酸銀溶液，可染成咖啡色（涂染后在可見光下暴露十分鐘）。
（4）煤焦油酒精溶液，可染成黑色。
2． 染色方法
染色法適用于被毛白色的實驗動物如大白鼠、小白鼠等。
（1）單色涂染法（如圖11-1所示）
單色涂染法是用單一顏色的染色劑涂染實驗動物不同部位的方法。常規的涂染順序是從左到右、從上到下。左前肢為1號、左側腹部2號、左后肢3號、頭部4號、背部5號、尾根部6號、右前肢為7、右側腹部8號、右后肢9號、不作染色標記為10號。此法簡單、易認，在每組實驗動物不超過10只的情況下適用。
（2）色涂染法（如圖11-1所示）
雙色涂染法是采用兩種顏色同時進行染色標記的方法。例如用苦味酸（黃色）染色標記作為個位數，用品紅（紅色）染色標記作為十位數。個位數的染色標記方法同單色涂染法；十位數的染色標記方法參照單色涂染法，即左前肢為10號、左側腹部20號、左后肢30號、頭部4 0號、背部50號、尾根部60號、右前肢70號、右側腹部80號、右后肢90號，第100號不作染色標記。比如標記第12號實驗動物，在其左前肢涂染品紅（紅色），在其左側腹部涂上苦味酸（黃色）即可（如圖11-1所示）。雙色法色法可標記100位以內的號碼。
（3）直接標號法
直接標號法是使用染色劑直接在實驗動物被毛、肢體上編寫號碼的方法。實驗動物太小或號碼位數太多時，不宜采用此方法。
染色法雖然簡單方便，不會給實驗動物造成損傷和痛苦，但是長時間實驗會使涂染劑自行褪色，或由于實驗動物互相嬉鬧、舔毛、摩擦、換毛、糞尿和飲水浸濕被毛等原因，易造成染色標記模糊不清，因而染色法對慢性實驗不適用。如果所做慢性實驗只能采用此種染色方法，則應注意不斷地補充和加深染色。
另外，常用染色劑的毒性對實驗動物的影響也是需要注意的一個問題。
（二） 孔法
耳孔法是用打孔機直接在實驗動物的耳朵上打孔編號，根據打在動物耳朵上的部位和孔的多少，來區分實驗動物的方法（如圖11-2所示）。用打孔機在耳朵打孔后，必須用消毒過的滑石粉抹在打孔局部，以免傷口愈合過程中將耳孔閉合。耳孔法可標記三位數之內的號碼。另一種耳孔法是用剪刀在實驗動物的耳郭上剪缺口的方法，作為區分實驗動物的標記。
（三）烙印法
烙印法是直接把標記編號烙印在實驗動物身體上的方法，尤如蓋印章一樣。烙印方法有兩種，對犬等大動物，可將標記號碼烙印在其皮膚上（如耳、面、鼻、四肢等部位），對家兔、豚鼠等動物，可用數字號碼鉗在其耳朵上刺上號碼；烙印完成后，傷口涂抹酒精黑墨等顏料，即可清楚讀出號碼。烙印法對實驗成績動物會造成輕微損傷，操作時宜輕巧、敏捷，必要時麻醉，以減少痛苦。
（四）掛牌法
掛牌法是將編好的號碼烙印在金屬牌上，掛在實驗動物頸部、耳部、肢體或籠具上，用來區別實驗動物的一種方法。金屬牌應選用不生銹、刺激小的金屬材料，制成輕巧、美觀的小牌子。
實驗人員可根據實驗動物品種、實驗類型及實驗方式，選擇合適的標記編號方法。一般來說，大、小鼠多采用染色法，家兔宜使用耳孔法，犬、猴、貓較適合掛牌法，犬還可用烙印法。