一、沙門氏菌病
本病是一種人畜共患病，是所有普通級實驗動物應排除的一種疾病。
1. 病原體
沙門氏菌(salmonella sp)，為革蘭氏陰性的短桿菌，無芽孢、鞭毛。此菌抵抗力弱，60℃以上和一些常規消毒藥就可將其殺死，但在飲水、土壤和糞便中可存活數月。
2. 流行病學
傳染源為患病和病死的動物。人和各類實驗動物均可感染,人感染后發生腸道疾病,呈食物中毒癥狀。本病可水平傳播，如通過接觸病死或帶菌的動物以及被污染的飼料飲水而發病，蒼蠅和野鼠是重要的傳播媒介。
3. 臨床癥狀
急性呈暴發型，看不到任何臨床癥狀動物就大批死亡， 往往是下班時一切正常，第二天上班發現動物已有1/3死亡。亞急性表現為病鼠食欲、飲欲減退甚至廢絕，被毛蓬亂無光澤，眼結膜發炎、眼瞼粘合；腹瀉，糞便呈泡沫狀粘液、黃綠色、味惡臭,嚴重時糞便中帶有血絲，通常可見病鼠腹部膨大，手彈可聽到明顯的鼓音,一般病程二、三周。慢性的有上述癥狀，但癥狀較輕，患鼠逐漸消瘦，二、三周后逐漸恢復。
4. 診斷
根據臨床癥狀和尸體剖檢作初步診斷，確診須作細菌學檢查。
5. 防治
加強飼料、飲水、籠具、墊料的消毒，嚴防野鼠、蒼蠅污染飼料、飲水。 飼養室定期消毒。定期進行微生物檢測，發現病鼠和帶菌鼠及時處理。
一般鼠群感染本病，很難徹底排除，需全群淘汰，重新引種。
二、支原體病
1. 病原體
肺支原體(mycoplasma pulmonis)，革蘭氏染色陰性，典型的支原體菌落為圓形，支原體沒有細胞壁，呈多種形態，如圓形、桿狀、放射狀、環狀。它廣泛存在于自然界，能引起人和動植物的多種疾病。
2. 流行病學 傳染源為發病或隱性帶菌的動物。它主要以呼吸道感染為傳播途徑， 但沒有嚴格的宿主，人、各種實驗動物都可發病，植物也能感染。
3. 臨床癥狀
大鼠主要引發肺炎癥狀。動物突然發病,呼吸急促甚至呼吸困難，有支氣管肺炎或細支氣管擴張和肺膿腫癥狀。病鼠體重減輕,被毛粗亂,常常在飼養盒一角蹲縮。大鼠最易感染的部位是呼吸道和關節，感染部位可見病理變化，主要表現為炎癥反應,包括充血、水腫以及漿液性分泌物形成。
4. 診斷
大鼠鼻咽部擦拭取材培養，檢查出支原體即可確診。
5. 預防及控制
預防本病的措施是加強飼養室的衛生消毒工作,對飼養室周圍的環境進行化學藥物消毒。控制本病的最有效的辦法是保持無支原體的動物種群,可采取剖腹產凈化種群。
三、流行性出血熱（EHF）
流行性出血熱是一種人畜共患病，我國是重疫區,近幾年屢有報道發生流行性出血熱造成人員死亡。對實驗動物而言，各種實驗動物都可發病，尤以大鼠發生較多,所以又稱為大鼠流行性出血熱。
1. 病原體
主要是流行性出血熱病毒(epidemic hemorrhagic fever virus,EHFV)。1978年，朝鮮李鎬汪首次從黑線姬鼠肺中分離出該病毒。隨后， 我國科研人員也從大鼠肺中分離出該病毒。
本病毒為RNA病毒、 有核衣殼包膜， 病毒顆粒結構粗大、 較集中， 平均直徑為100um（50-150）,它對乙醚敏感，不耐酸、不耐熱，在50℃30分鐘或PH3.0條件下37℃1小時就可滅活。
2. 流行病學
野鼠是主要的傳染源，我國帶毒野鼠有黑線姬鼠、褐家鼠、大林家鼠等。 本病易感對象廣泛，包括人類和各種實驗動物，尤其大鼠發生較多。它可通過多種途徑傳播,主要有蟲媒傳播、消化道傳播、接觸傳播、呼吸道傳播，究竟以哪種方式為主進行傳播還有待研究。
3. 臨床癥狀
主要表現為發熱、出血傾向、腎臟損害。大鼠體溫升高到40℃（正常體溫37.8 －38.7 ℃）。解剖可見漿膜、臟器出血明顯，毛細血管損傷，腎臟腫脹，體積增大，表面及包膜下充血、出血，切面可見皮質蒼白，髓質呈紫紅色，高度充血、出血，有灶性缺血性壞死。
4. 預防
第一，消滅野鼠，不論居民區還是飼養區都要下大力氣進行滅野鼠工作， 定期、定時統一行動。第二，建立嚴格的清洗消毒制度，飼料、墊料、籠具、工作服都要徹底消毒。第三，做好個人防護，飼養人員、接觸動物的科研人員嚴格按操作規程操作，工作完畢徹底更換衣物，用肥皂水洗手。第四，定期檢測動物， 發現疫情及時采取相應措施并報告衛生防疫部門。